结论：员工因身体不舒服请假不批准被记旷工是否合理，需根据具体情况判断。在大多数情况下，如果员工按照公司规定提交了真实有效的病假证明，公司应予以批准，不得随意将其记为旷工；但在特定情况下，如员工未按规定提交病假申请或提供的证明材料存在虚假等，公司有权不批准病假并将其视为旷工。以下是对此问题的详细分析：
一般情况
员工的权利：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第三条，劳动者享有休息休假的权利，这包括因病需要暂停工作的权利。员工在生病时，有权获得适当的休息和治疗。
公司的义务：
- 当员工按照公司规定的请假流程，提交了符合要求的病假证明（如正规医疗机构出具的诊断证明、病历、病假条等），用以证明其确实因病需要休息治疗时，公司一般应当批准员工的病假申请。如果公司无故不批准，将员工该请假期间算作旷工，这种做法是不合法的。
医疗期规定：
- 根据《企业职工患病或非因工负伤医疗期规定》，企业职工因患病或非因工负伤，需要停止工作医疗时，根据本人实际参加工作年限和在本单位工作年限，给予相应的医疗期。在规定的医疗期内，员工有权享受病假待遇，企业应当予以批准。
特殊情况
不符合规定的病假申请：
- 如果员工提交的病假申请不符合公司规定，如未提前通知、未提供相关医疗证明等，用人单位有权要求员工补正或进行核实。若员工经通知后仍未补正或无法提供合理依据，用人单位可以根据内部规章制度等进行处理，此时将其行为视为旷工可能是合法的。
特殊岗位或时期的规定：
- 如果公司有明确且合理的规章制度规定，在某些特定时期或特定岗位上，员工请病假需要经过特定层级的审批，且审批未通过前应按照旷工处理，那么在这种情况下不批准病假并记为旷工可能是合法的。
虚假病假证明：
- 如果员工提供的病假证明材料是虚假的，如伪造医疗机构的诊断证明等，那么公司有权不批准其病假申请，并将其视为旷工。这种行为违反了公司的规章制度和基本的诚信原则，公司有权依据相关规定进行处理。
争议解决途径
如果员工认为公司的处理不合理，可以通过以下途径维护自己的权益：
- 与公司进行沟通协商：寻求双方都能接受的解决方案。
- 向当地劳动监察部门投诉：请求其介入调查并给出处理意见。
- 申请劳动仲裁：通过法律途径解决争议。
- 向人民法院提起诉讼：如果劳动仲裁结果仍无法满足需求，还可以向人民法院提起诉讼。
建议：在遇到此类问题时，员工应首先了解公司的请假制度和流程，并按照规定提交真实有效的病假证明。如果公司不批准病假并记为旷工，员工可以与公司进行沟通协商，或寻求法律途径维护自己的权益。同时，公司也应遵循法律法规的要求，确保员工的合法权益得到保障。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。