结论：公司辞退员工时，加班费是否计算在内，需分情况讨论。一般来说，经济补偿的月工资基数原则上应包含加班费，但具体执行时需参照当地法规及实际情况确定；同时，加班费作为劳动报酬的一部分，在单独计算经济补偿金时通常不被额外计入，但公司仍需确保按照实际加班情况足额支付加班费。
一、经济补偿中的加班费问题
法律依据：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十七条，经济补偿的计算是基于劳动者在本单位工作的年限，以每满一年支付一个月工资的标准进行。这里的“月工资”指的是劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。
- 依据《关于工资总额组成的规定》第四条，工资总额包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资以及特殊情况下支付的工资。由此可见，加班工资是工资的一个重要组成部分。
加班费在经济补偿中的作用：
- 在计算劳动合同解除或终止前十二个月平均工资时，加班工资属于劳动者的劳动报酬，因此原则上应当将其纳入计算范围。例如，若员工在被辞退前12个月正常工资为每月5000元，加上平均每月的加班工资1000元，那么其用于计算经济补偿的月工资标准应为6000元（5000 + 1000）。
- 然而，实际操作中，由于可能存在的地方性差异，某些地区可能会有特别规定，指出经济补偿金的基数不包括加班费。因此，在具体案件中，除了遵循国家法律法规外，还需仔细查阅并遵守当地的相关规定。
高收入者的特殊规定：
- 若劳动者的月工资（含加班费）高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准将按此三倍数额支付，且最高支付年限不超过十二年。
二、加班费的独立支付问题
加班费的计算依据：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第四十四条，加班费的计算分为三种情况：延长工作时间支付不低于工资的150%；休息日工作且不能安排补休支付不低于工资的200%；法定休假日工作支付不低于工资的300%。
加班费的支付义务：
- 加班费是公司按照法律规定应单独支付给员工的劳动报酬部分，不属于辞退补偿的范围。即使在经济补偿金计算中未直接计入加班费，公司仍需确保按照实际加班情况足额支付加班费。
三、违法辞退的赔偿问题
- 如果用人单位违法解除劳动合同，即没有法律依据或违反法定程序解除劳动合同，除了需支付正常的经济补偿外，还需按照经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。但这一赔偿金的计算基数同样需参照当地法规，且通常不包含加班费作为额外计入项。不过，若存在未支付加班费的情况，劳动者可以一并主张公司支付拖欠的加班费及相应赔偿金。
四、维权途径与建议
收集证据：
- 劳动者应收集加班审批表、考勤记录（打卡记录、排班表等）、加班邮件、工作成果记录（显示加班时段完成的内容）以及同事的证人证言等证据，以证明加班事实的存在。
维权途径：
- 如果用人单位拒绝支付加班费或经济补偿，劳动者可以向当地的劳动监察大队投诉、申请劳动仲裁或在必要时通过诉讼程序来追讨加班费及赔偿金。
专业咨询：
- 在处理此类纠纷时，建议劳动者咨询专业律师（比如我），以了解当地的具体法规和政策，并获取更具体的法律建议和指导。
总结：公司辞退员工时，加班费是否计算在经济补偿内需根据具体情况和当地法规来判断。但无论如何，公司都需确保按照实际加班情况足额支付加班费。若劳动者对补偿或加班费有异议，可通过合法途径维护自己的合法权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。