公司用微信发工资对员工而言，虽然带来了一定的便利，但也存在诸多不利因素，具体分析如下：
权益证明与劳动关系认定上的不利
- 证据效力问题：在劳动纠纷中，工资支付记录是证明劳动关系及收入情况的关键证据。相较于银行转账记录，微信转账记录在作为证据时证明力较弱。因为微信转账可能信息不完整，比如缺少转账备注、转账双方信息不明确等，且易被篡改。若用人单位否认转账性质为工资，员工将面临较大困难证明该款项为工资收入，从而在维权时处于不利地位。
- 影响社保、公积金缴纳：微信转账发放工资可能导致员工的真实收入无法准确反映。社保和公积金的缴纳基数通常是根据员工的工资收入来确定的，如果工资发放记录不规范，将直接影响社保和公积金的缴纳基数，进而降低员工在养老、医疗、失业、工伤、生育等方面的保障水平，以及住房公积金的缴存金额，对员工未来的购房贷款等权益产生不利影响。
税务风险与合规性上的不利
- 逃税与补税风险：用人单位通过微信转账发放工资可能存在逃避纳税义务的行为。这种行为不仅违反了税法规定，还可能给员工带来潜在的税务风险。一旦税务机关查处，员工可能需要补缴个人所得税，并面临罚款、滞纳金等处罚，这无疑增加了员工的经济负担。
- 财务管理不规范：合法合规的工资支付应有明确的记录，便于税务申报和核对。微信转账缺乏必要的透明度和正式性，不利于长期的财务管理和合规性检查。如果公司因此出现财务管理问题，也可能间接影响到员工的权益。
贷款、信用与隐私安全上的不利
- 贷款与信用评估：在申请贷款、签证等需要证明稳定收入的情况时，银行流水是关键证据。微信转账无法提供有效的收入证明，因为银行在评估贷款或签证申请时，通常更认可银行流水作为收入证明。因此，微信转账可能影响员工在这些重要事务上的进展。
- 隐私泄露风险：使用微信等社交平台进行工资转账可能带来隐私泄露的风险。个人信息安全是每位员工都应重视的问题，一旦个人信息被泄露，可能会给员工带来不必要的麻烦和损失。
- 账户安全风险：微信转账可能受到黑客攻击或诈骗，使员工账户受损，资金安全无法得到保障。相比之下，银行转账等正规渠道在资金安全方面更有保障，因为银行有更完善的安全措施和监管机制。
法律建议：
- 明确约定：公司在与员工采用微信发工资前，应签订书面协议，明确约定工资支付的方式、时间、金额等关键条款，确保双方权益得到保障。这样可以在一定程度上减少因工资支付问题引发的纠纷。
- 合规操作：公司应遵守相关法律法规，确保微信发工资的流程合法、规范，避免税务违规风险。工资支付记录应准确纳入公司财务账目，以便进行准确的财务核算和税务申报。
- 安全管理：加强微信支付的安全管理，采取必要的安全措施（如设置复杂密码、开启双重验证等），降低账户被盗、诈骗等风险。同时，员工也应提高安全意识，保护好自己的微信账户和密码。
- 透明公正：确保微信发工资的流程透明、公正，避免引发员工对于工资发放公正性和透明度的质疑。公司可以定期向员工提供工资支付明细，让员工清楚了解自己的工资构成和发放情况。
综上所述，公司用微信发工资虽然带来了一定的便利，但也存在诸多不利因素。为了确保双方权益得到保障，公司应充分权衡利弊，并采取必要的措施确保工资支付的合法性、规范性和安全性。如果员工对公司用微信发工资的方式有疑虑或担忧，可以直接向我咨询相关法律问题。