公司用微信发工资本身并不直接构成违法，但若因此引发工资支付纠纷或未依法履行工资支付义务，公司可能面临劳动行政处罚及民事赔偿责任。以下从不同角度详细分析：

一、合法性角度：微信发工资需满足法定形式要件

根据《工资支付暂行规定》第六条，用人单位应将工资支付给劳动者本人，并提供工资清单（包括支付日期、周期、姓名、金额等）。若公司通过微信转账发放工资时：

1. 已明确工资构成及金额（如转账备注“2023年10月工资5000元”），且劳动者无异议，通常视为合法支付；
2. 未提供工资清单或转账备注模糊（如仅备注“转账”），导致劳动者无法确认工资明细的，可能被认定为未依法支付工资，劳动行政部门可责令限期改正，逾期不改的处以罚款（通常为2000元以下）。

二、税务合规角度：微信发工资需确保税款代扣代缴

根据《个人所得税法》，公司作为扣缴义务人，需按工资薪金所得代扣代缴个人所得税。若公司通过微信发工资时：

1. 已依法代扣代缴个税（如转账金额为税后工资，且公司已申报个税），则税务合规；
2. 未代扣代缴或隐瞒收入（如通过私人微信转账逃避个税），可能面临税务机关追缴税款、滞纳金（每日万分之五）及罚款（0.5倍至5倍税款），严重者可能构成逃税罪（刑事责任）。

三、劳动者权益保护角度：微信发工资需保障劳动者知情权与举证权

若公司仅通过微信发工资且未提供书面工资条，劳动者可能面临以下风险：

1. 难以证明劳动关系（如未签订劳动合同且无其他证据时，微信转账记录可能被认定为劳动关系的关键证据）；
2. 难以主张加班费、未休年假工资等（因无法证明工资基数或工作时间）；
3. 公司拖欠工资时举证困难（如公司删除转账记录或否认工资支付事实）。

建议：若公司长期以微信发工资且未提供工资清单，劳动者可要求公司出具书面工资条或通过银行转账支付工资；若公司拒绝，可向当地劳动监察大队投诉（电话12333）或申请劳动仲裁，主张公司支付工资差额、经济补偿金等。

四、公司管理风险角度：微信发工资可能引发内部管理混乱

1. 财务不规范：微信转账可能难以纳入公司财务系统，导致账目不清、审计风险；
2. 劳动纠纷风险：如劳动者主张公司未支付工资或克扣工资，公司需承担举证责任（如提供微信转账记录、工资清单等），若举证不能可能败诉；
3. 税务风险：如公司通过多个私人微信账号发工资，可能被税务机关认定为“公私不分”，进而核查公司整体税务合规性。

总结：公司用微信发工资本身不违法，但需确保满足以下条件：

1. 明确工资构成及金额（转账备注或补充书面说明）；
   
2. 依法代扣代缴个税；
   
3. 提供工资清单或书面确认工资支付事实；
   
4. 避免通过私人微信转账逃避税务或劳动监管。
   若公司未履行上述义务，可能面临劳动行政处罚、税务处罚及民事赔偿责任。如有具体纠纷，可进一步向我咨询细节。