关于公司不允许通过微信发工资是否合法的问题，这实际上取决于多种因素，不能一概而论。以下是我为您详细分析的情况：
一、合法性的基本判断
公司不允许通过微信发工资，从法律条文直接解读来看，并没有明确的法律条文直接规定公司必须或禁止通过微信发放工资。因此，其合法性主要取决于双方协商、支付规定以及实际操作中的合规性。
二、合法的情况分析
双方协商一致是前提：
- 如果公司与员工在劳动合同或相关协议中明确约定了工资支付方式，并且该方式并非微信，那么公司不允许通过微信发工资就是合法的，因为这是基于双方协商一致的结果。
- 反之，如果双方原本约定或习惯上通过微信发工资，但公司突然改变方式且未与员工协商，这可能引发争议。
符合支付规定是关键：
- 根据《工资支付暂行规定》，用人单位应以货币形式按月支付给劳动者本人。微信转账作为一种电子支付方式，本质上属于货币支付的一种形式，因此并不违反这一基本规定。
- 但关键在于，微信转账必须满足货币支付的所有要求，包括准确性、及时性、可追溯性等，并且不能违反其他相关法律法规，如税务规定、反洗钱规定等。
特殊情况下的应急处理：
- 在某些特殊情况下，如公司财务系统故障、银行转账受阻等，公司可能暂时选择通过微信等电子支付方式应急发放工资。这种情况下，只要与员工充分沟通并说明情况，通常是被允许的。
三、不允许微信发工资可能涉及的问题
员工权益保障：
- 如果公司突然改变工资支付方式，且未与员工充分协商，可能影响员工的权益保障，如工资发放的及时性、准确性等。
税务和社保处理：
- 通过微信发工资可能不利于税务和社保的监管。公司需要确保按照法律规定代扣代缴员工的个人所得税，并进行正确的税务申报和缴纳。同时，社保的缴纳也需要基于准确的工资记录。
行业或地区规定：
- 部分特殊行业或对资金管理有严格要求的企业可能需遵循特定的财务制度和规定，这些规定可能限制或禁止通过微信等电子支付方式发放工资。
四、建议
明确合同约定：
- 在签订劳动合同时，双方应明确约定工资支付方式、支付时间等关键条款，以避免后续争议。
选择合规的支付方式：
- 公司应优先选择通过对公账户等合规方式发放工资，以确保税收及社保的合理处理。如果确实需要通过微信等电子支付方式发放工资，也应确保相关操作的合规性和可追溯性。
加强沟通与协商：
- 如果公司需要改变工资支付方式，应提前与员工进行充分沟通并说明原因，以取得员工的理解和支持。
综上所述，公司不允许通过微信发工资的合法性取决于多种因素，包括双方协商、支付规定以及实际操作中的合规性。在确保操作合规、充分保障员工权益的前提下，公司可以合理选择工资支付方式。如果公司确实不允许通过微信发工资，并且这一决定与员工之间的原有约定或习惯不符，建议公司加强与员工的沟通与协商，以达成共识并避免争议。