工厂限制员工上厕所时间并扣绩效考核的行为，是不合法且不合理的，员工有权对此进行维权。以下从几个方面为你详细分析：

一、工厂限制员工上厕所时间的违法性

1. 侵犯基本人权：上厕所是人的基本生理需求，工厂限制员工上厕所时间，实际上是对员工基本人权的侵犯。员工有权在合理的时间内满足自己的生理需求，工厂无权对此进行限制。

2. 违反劳动法规：根据《中华人民共和国劳动法》及相关规定，劳动者享有休息休假的权利，用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日，并合理安排工作时间和休息时间。工厂限制员工上厕所时间，显然违反了这一规定，剥夺了员工的休息权利。

二、工厂扣绩效考核的违法性

1. 绩效考核的合法性基础：绩效考核是用人单位对员工工作表现的一种评价方式，但其评价标准应当合理、公正，且与员工的工作内容、职责等紧密相关。工厂将上厕所时间纳入绩效考核范围，显然缺乏合理性，因为上厕所并非员工的工作内容，也不应成为评价员工工作表现的标准。

2. 违反劳动报酬规定：根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠。工厂以限制上厕所时间为由扣绩效考核，进而可能影响员工的工资收入，这种行为违反了劳动报酬的规定，员工有权要求工厂支付被扣的工资。

三、员工的维权途径

1. 与工厂协商：员工可以首先尝试与工厂进行协商，表达自己的诉求和不满，要求工厂改正不合理的规定，并支付被扣的工资。

2. 向劳动监察部门投诉：如果协商无果，员工可以向当地的劳动监察部门投诉，请求劳动监察部门对工厂的违法行为进行调查和处理。

3. 申请劳动仲裁：员工还可以向劳动仲裁机构申请劳动仲裁，要求工厂支付被扣的工资，并可能要求工厂承担其他法律责任，如支付赔偿金等。

四、可能面临的法律后果

如果工厂坚持其违法行为，不改正不合理的规定，也不支付被扣的工资，那么工厂可能面临以下法律后果：

1. 被劳动监察部门处罚：劳动监察部门有权对工厂的违法行为进行处罚，包括罚款、责令改正等。

2. 被劳动仲裁机构裁决支付工资和赔偿金：如果员工申请劳动仲裁并获胜，工厂将被裁决支付被扣的工资和可能的赔偿金。

建议：员工在面对工厂的违法行为时，应当勇敢站出来维护自己的合法权益。同时，也建议员工在维权过程中保留好相关证据，如工资条、绩效考核表、与工厂的沟通记录等，以便在需要时提供证明。如果你还有其他疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。