在诉讼中，当被告对原告提供的证据提出质疑时，鉴定主体可以通过以下几种方式确定：
双方协商确定：
- 双方当事人可以尝试自行协商，共同选择具备相应资格和专业能力的鉴定人或鉴定机构。这种方式体现了双方的自主性，有助于增强鉴定结果的公信力和可接受性。例如，在涉及专业技术的案件中，双方可能会共同选定一家在该技术领域具有权威性的鉴定机构进行鉴定。
法院指定：
- 如果双方当事人无法就鉴定人的选择达成一致，或者协商确定的鉴定人不符合法定要求，那么可以由人民法院指定鉴定人。法院在指定时，会综合考虑案件的性质、鉴定的要求、鉴定机构的资质、信誉以及专业性等多方面因素，从法定的鉴定机构名册中选择合适的鉴定机构进行鉴定。例如，在医疗纠纷案件中，对于病历真伪、医疗行为是否存在过错等关键证据的争议，法院可能会直接指定专业的医疗鉴定机构进行鉴定。
当事人自行委托但需法院认可：
- 在某些情况下，当事人也可以自行委托鉴定机构或专家进行鉴定，但这种委托通常需要经过法院的认可和同意。法院会对当事人提出的鉴定机构和专家的资质、专业能力以及公正性进行审查，以确保鉴定的准确性和公信力。
在鉴定过程中，还需要注意以下几点：
- 鉴定费用的承担：申请鉴定的一方通常需要预交鉴定费用。如果鉴定结果对申请方不利，这笔费用可能由其自行承担；如果鉴定结果有利于申请方，则可能由败诉方承担（具体根据法院判决）。
- 鉴定人的独立性：鉴定人应当独立、客观、公正地进行鉴定，不受任何一方的干扰或影响。他们应依据专业知识和科学方法，对争议证据进行准确的分析和判断。
- 鉴定意见的提交：鉴定完成后，鉴定人应及时向法院提交鉴定意见。这份意见将作为法院审理案件的重要参考依据之一。
举例说明：
假设在一起交通事故责任纠纷案件中，原告提供了事故现场的照片作为证据，证明被告存在过错。被告对照片的真实性提出质疑，认为照片可能经过篡改。此时，双方可以协商选择一家具有资质的鉴定机构对照片的真实性进行鉴定。如果协商不成，可以请求法院指定鉴定机构。在鉴定过程中，鉴定机构会独立、客观、公正地进行鉴定，并提交鉴定意见给法院。法院将根据鉴定意见以及其他证据来综合判断事故责任。
总结与建议：
在诉讼中，确定鉴定主体是解决证据真实性和可信度问题的关键步骤。双方当事人应积极协商，共同选择合适的鉴定机构或鉴定人。如果协商不成，可以请求法院指定。同时，当事人也应了解并遵守相关的法律规定和程序要求，以确保鉴定的顺利进行和结果的合法有效性。如果您在诉讼中遇到类似问题，或者有其他法律疑问，可以直接向我咨询，我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。