行政协议纠纷应提起行政诉讼，而非民事诉讼。以下是对这一结论的详细分析：

一、行政协议的性质与行政诉讼的关联

行政协议是行政机关为实现行政管理或公共服务目标，与公民、法人或其他组织协商订立的具有行政法上权利义务内容的协议。这类协议虽然包含合同要素，但本质上仍属行政行为范畴，因此其纠纷应通过行政诉讼途径解决。

二、法律依据

1. 《中华人民共和国行政诉讼法》第十二条：该条款明确规定，公民、法人或者其他组织认为行政机关不依法履行、未按照约定履行或者违法变更、解除政府特许经营协议、土地房屋征收补偿协议等行政协议的，可以提起行政诉讼。这一规定直接确立了行政协议纠纷的行政诉讼性质。

2. 其他相关司法解释：如最高人民法院发布的关于行政协议的司法解释，也进一步明确了行政协议纠纷应通过行政诉讼解决的原则。

三、行政诉讼与民事诉讼的区别

1. 诉讼主体：行政诉讼的被告恒定为行政机关，而民事诉讼的双方当事人则是平等的民事主体。在行政协议纠纷中，由于一方当事人是行政机关，因此不符合民事诉讼的主体要求。

2. 诉讼目的：行政诉讼的主要目的是监督行政机关依法行使职权，保护公民、法人或其他组织的合法权益；而民事诉讼则主要解决平等民事主体之间的财产和人身关系纠纷。行政协议纠纷涉及的是行政机关与相对人之间的权利义务关系，因此更适合通过行政诉讼解决。

3. 举证责任：在行政诉讼中，举证责任一般由被告（行政机关）承担；而在民事诉讼中，则遵循“谁主张，谁举证”的原则。行政协议纠纷中，由于行政机关掌握更多的行政资源和信息，因此由其承担举证责任更为合理。

四、实际操作中的注意事项

1. 明确协议性质：在提起诉讼前，应首先明确行政协议的性质。如果协议是行政机关基于行政管理职责与相对人签订的，则属于行政协议范畴；如果协议是平等民事主体之间签订的，则属于民事合同范畴。

2. 准备充分证据：在提起行政诉讼时，应准备充分的证据来证明行政机关存在不依法履行、未按照约定履行或违法变更、解除行政协议的行为。这些证据可以包括协议文本、履行情况记录、沟通记录等。

3. 遵循诉讼程序：应按照行政诉讼法的规定，向具有管辖权的人民法院提起诉讼，并遵循诉讼程序的相关规定。如准备行政诉讼状、提交相关证据材料、准时出席参与诉讼活动等。

五、可能面临的法律后果

如果错误地将行政协议纠纷提起民事诉讼，可能会导致法院不予受理或驳回起诉。这不仅会浪费当事人的时间和精力，还可能错过最佳的维权时机。因此，在面临行政协议纠纷时，应明确其性质并选择正确的诉讼途径。

总结来说，行政协议纠纷应提起行政诉讼而非民事诉讼。在提起诉讼前，应明确协议性质、准备充分证据并遵循诉讼程序的相关规定。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。