当政府施工影响商户经营时，商户可以采取以下措施来维护自身合法权益，我将从法律救济途径、协商沟通、证据收集三个核心角度为你详细说明：

1. 法律救济途径

   • 行政诉讼：若施工行为缺乏合法依据（如未取得施工许可、未履行公告程序），商户可依据《行政诉讼法》向法院提起行政诉讼，要求确认施工行为违法并停止侵害。需注意诉讼时效为知道行政行为之日起6个月内。
     
   • 民事赔偿：根据《民法典》第1165条，若施工导致商户客流量减少、营业中断等直接经济损失，可要求施工单位或政府承担侵权赔偿责任。需证明施工行为与损失之间的因果关系（如通过同期营业额对比、客流量统计等）。
     
   • 国家赔偿：若施工系政府直接行为（如道路拓宽工程），且存在违法行政情形（如超期施工、未采取防护措施），商户可依据《国家赔偿法》申请行政赔偿，但需以行政行为被确认违法为前提。

2. 协商沟通机制

   • 书面异议：向施工方或政府主管部门提交书面异议，明确要求采取减损措施（如调整施工时间、设置临时通道、安装隔音屏障等），并留存送达凭证（如EMS邮寄回执）。
     
   • 听证参与：若施工涉及规划变更或环境影响评估，商户可依据《行政许可法》申请参加听证会，提出反对意见及补偿诉求。
     
   • 补偿协议：可要求签订书面补偿协议，明确补偿标准（如按停业天数折算租金、赔偿装修折旧损失等）、支付方式及违约责任，避免口头承诺。

3. 证据收集要点

   • 损失证明：收集施工前后的营业额数据、纳税记录、员工工资发放凭证等，证明实际经济损失；若涉及房屋贬值，可委托专业机构出具评估报告。
     
   • 因果关系：通过现场照片、视频记录施工噪音、扬尘、占道等情况，结合顾客证言或监控录像，证明施工与经营受损的关联性。
     
   • 程序违法：调取施工许可文件、环境影响报告等公开信息，核查是否履行法定程序（如公告期限、听证程序等），为后续诉讼或申诉提供依据。

行动建议：

1. 优先通过书面形式向施工方或政府主管部门提出减损要求及补偿诉求，保留沟通记录；
   
2. 若协商无果，可在6个月内提起行政诉讼或民事赔偿诉讼，注意同步申请财产保全（如冻结施工单位账户）；
   
3. 涉及重大损失时，建议委托专业律师介入，通过司法鉴定、专家辅助人等方式强化证据效力。
   

如有具体案件细节（如施工期限、损失金额、沟通记录等），可进一步向我说明，我将为你制定更精准的维权方案。