当商家的合法权益受到政府行为影响时，商家可以采取以下措施来维护自身权益：
了解政府行为的具体内容与依据：
- 商家首先需要明确政府行为的具体内容，比如是行政处罚、行政强制措施还是其他类型的行政行为。
- 接着，商家应了解该政府行为的法律依据，即政府是基于哪部法律、哪个条款作出的这一行为。这有助于商家判断政府行为是否合法、合理。
与政府进行沟通协商：
- 在了解政府行为的具体内容和依据后，商家可以尝试与政府相关部门进行沟通协商，表达自身的诉求和关切。
- 通过沟通，商家可能能够了解到政府行为的背景和目的，以及政府是否有意愿对行为进行调整或补偿。
申请行政复议：
- 如果商家认为政府行为侵犯了其合法权益，且沟通协商无果，商家可以向作出该政府行为的上一级行政机关或法律、法规规定的行政机关申请行政复议。
- 行政复议是一种行政救济途径，通过复议，商家可以请求复议机关对政府行为的合法性、合理性进行审查，并作出相应的决定。
提起行政诉讼：
- 如果商家对行政复议的结果不满意，或者认为行政复议机关未依法履行职责，商家可以向人民法院提起行政诉讼。
- 行政诉讼是商家通过司法途径维护自身权益的最后手段，通过诉讼，商家可以请求法院对政府行为的合法性进行审查，并判决政府承担相应的法律责任。
寻求法律援助或专业律师的帮助：
- 在处理与政府行为相关的法律事务时，商家可能会面临复杂的法律问题和程序。因此，寻求法律援助或专业律师的帮助是非常重要的。
- 专业律师可以为商家提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助商家更好地维护自身权益。
在采取上述措施时，商家需要注意以下几点：
- 保留证据：商家应妥善保留与政府行为相关的所有证据，包括政府文件、通知、决定书等，以及商家自身的经营记录、合同等。这些证据在后续的沟通协商、行政复议或行政诉讼中可能起到关键作用。
- 遵守法律程序：商家在维护自身权益的过程中，应严格遵守法律程序，不得采取非法手段或暴力行为。否则，商家可能会面临法律责任。
- 及时行动：商家在发现政府行为可能侵犯其合法权益时，应及时采取行动，避免错过申请行政复议或提起行政诉讼的时效期限。
示例说明：
假设某商家因政府的一项环保政策而面临停业整顿的处罚。商家认为该政策对其经营造成了不合理的限制，且政府在作出处罚决定时未充分考虑其实际情况。在此情况下，商家可以首先与政府相关部门进行沟通协商，表达自身的诉求和关切。如果沟通无果，商家可以向上一级行政机关申请行政复议，请求复议机关对处罚决定的合法性、合理性进行审查。如果商家对行政复议的结果不满意，还可以向人民法院提起行政诉讼，通过司法途径维护自身权益。在整个过程中，商家应保留好所有相关证据，并严格遵守法律程序。