针对您提出的“公司车违法怎么处理”的问题，这通常涉及到公司车辆在运营过程中违反交通法规或相关运输管理规定的情况。以下我将结合您提供的参考信息，从处理流程、法律依据、处罚措施及后续管理等方面进行详细解答。
一、处理流程
发现违法：
- 交通执法部门在巡查、检查或通过其他方式发现公司车辆存在违法行为，如超限运输、超速、闯红灯等。
固定证据：
- 执法人员会固定相关证据，如称重单据、现场照片、视频记录等，以证明违法事实的存在。
送达违法行为通知书：
- 执法部门会向公司送达违法行为通知书，告知违法事实、处罚依据及公司享有的陈述申辩、申请听证等权利。
公司陈述申辩：
- 公司有权在规定时间内对违法事实进行陈述申辩，或申请听证以进一步了解处罚情况。
执法部门作出处罚决定：
- 根据违法事实、法律依据及公司陈述申辩情况，执法部门会依法作出处罚决定，如罚款、责令整改等。
执行处罚：
- 公司需按照处罚决定执行，如缴纳罚款、整改违法行为等。
案件办结归档：
- 处罚执行完毕后，案件将办结归档，作为后续监管的参考。
二、法律依据
公司车辆违法的处理主要依据《中华人民共和国公路法》、《公路安全保护条例》、《超限运输车辆行驶公路管理规定》等相关法律法规。这些法规明确了货运车辆的车货总质量限制、超限运输的处罚标准等。
三、处罚措施
以超限运输为例，处罚措施通常包括：
- 罚款：根据超限率的不同，对超载部分每吨处以一定金额的罚款。如超限20%-50%的，对超载部分每吨罚款三百元；超限50%以上的，对超载部分每吨罚款五百元，上限三万元。
- 责令整改：要求公司立即停止违法行为，并采取措施整改，如卸载超限货物、调整运输计划等。
- 其他处罚：根据违法情节的严重程度，还可能面临暂扣或吊销证照、没收违法所得等处罚。
四、后续管理
加强内部管理：
- 公司应加强对车辆和驾驶员的管理，确保车辆符合法定限值要求，驾驶员遵守交通法规。
落实装载核验：
- 在装载货物前，应对货物进行准确称重和核验，确保车货总质量不超过法定限值。
动态监控：
- 利用现代技术手段对车辆进行动态监控，及时发现并纠正违法行为。
接受监管：
- 积极配合交通执法部门的监管工作，如实提供相关信息和资料。
五、具体案例参考
以您提供的参考信息为例，江西某汽车运输公司的货车因超限运输被查获，超限率48%，属于擅自超限运输。执法部门依法对其作出了责令整改、罚款4500元的处罚。该公司当场卸载转运超限货物，并当日足额缴清罚款。这一案例清晰地展示了公司车辆违法后的处理流程和处罚措施。
综上所述，公司车辆违法后，应积极配合交通执法部门的调查和处理工作，按照处罚决定执行整改和缴纳罚款等措施。同时，公司应加强内部管理，落实装载核验和动态监控等措施，以预防类似违法行为的再次发生。