在被告申请笔记鉴定而原告不配合的情况下，原告是有权选择撤诉的，但这并不是原告不配合鉴定的直接法律后果，而是原告基于自身诉讼策略和利益考量的一种选择。以下从不同角度为你详细分析：
原告撤诉的法律依据与自主性
撤诉的自主性：根据《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定，原告在宣判前有权申请撤诉。这是原告的一项基本诉讼权利，原告可以根据自身情况、诉讼风险以及诉讼成本等因素，自主决定是否继续进行诉讼。因此，在被告申请笔记鉴定而原告不配合的情况下，原告完全有权选择撤诉，以结束当前的诉讼程序。
撤诉的法律后果：原告撤诉后，诉讼程序即告终结，法院将不再对案件进行审理和判决。对于原告而言，撤诉可能意味着放弃了通过诉讼解决纠纷的机会，但同时也避免了可能因不配合鉴定而承担的不利法律后果（如法院可能采纳被告的其他证据或对原告的主张不予采信等）。
原告不配合鉴定的法律后果与撤诉的考量
不配合鉴定的法律后果：在诉讼中，如果被告申请笔记鉴定，而原告不配合，这可能会对原告的诉讼主张产生不利影响。法院可能会根据被告提供的证据以及案件的其他情况，对原告的主张进行审查判断。如果原告无法提供充分的证据支持其主张，或者其主张与鉴定结论相悖，法院可能会不予采信原告的主张，从而对原告不利。
撤诉作为应对策略：面对不配合鉴定可能带来的不利法律后果，原告可能会选择撤诉作为一种应对策略。通过撤诉，原告可以避免法院对案件作出对其不利的判决，同时也可以为双方通过其他方式解决纠纷（如协商、调解等）留下空间。
撤诉后的其他注意事项
撤诉的再次起诉限制：需要注意的是，原告撤诉后，如果再次就同一事实和理由起诉，法院可能会根据具体情况决定是否受理。因此，原告在决定撤诉前，应充分考虑撤诉后可能面临的法律后果和诉讼风险。
与被告的协商与沟通：在决定撤诉前，原告也可以考虑与被告进行协商和沟通，寻求双方都能接受的解决方案。这不仅可以避免诉讼带来的时间和金钱成本，也有助于维护双方的关系和利益。
总结来说，在被告申请笔记鉴定而原告不配合的情况下，原告有权选择撤诉。但撤诉并非原告不配合鉴定的直接法律后果，而是原告基于自身诉讼策略和利益考量的一种选择。在决定撤诉前，原告应充分考虑撤诉后可能面临的法律后果和诉讼风险，并可以与被告进行协商和沟通，寻求更合适的解决方案。如果你在此过程中有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。