在民事诉讼审理结束后，若原告申请笔记鉴定，被告是可以提出不同意的，但最终是否进行鉴定由法院决定。以下是对此问题的详细分析：

一、法院的审查与决定权

根据《最高人民法院关于民事诉讼证据的若干规定》第三十条，人民法院在审理案件过程中认为待证事实需要通过鉴定意见证明的，应当向当事人释明，并指定提出鉴定申请的期间。若法院认为鉴定对于查明案件事实具有关键作用，即使被告不同意，法院也有权依职权委托鉴定机构进行鉴定。这意味着，被告的不同意并不能直接阻止鉴定的进行，法院会根据案件的具体情况和需要来作出决定。

二、被告的异议处理

被告若对原告的鉴定申请有异议，应在法定期限内以书面形式向法院提出，并说明理由。法院会综合考虑双方意见及案件实际情况，作出是否准许鉴定的决定。被告的异议是法院考虑是否进行鉴定的重要因素之一，但并非决定性因素。法院会权衡鉴定的必要性、可行性以及双方当事人的利益，从而作出公正合理的决定。

三、鉴定程序的推进与结果运用

一旦法院决定启动鉴定程序，将依法选定或指定具备相应资质的鉴定机构。双方当事人应配合鉴定机构的工作，提供必要的材料和信息。鉴定完成后，鉴定机构会出具鉴定意见书。法院会将鉴定意见书作为认定案件事实的重要证据之一，并结合其他证据进行综合判断。因此，即使被告不同意鉴定，但如果法院认为鉴定是必要的，鉴定程序仍会进行，且鉴定结果可能对案件的判决产生重要影响。

四、建议与注意事项

1. 尊重法院的决定：无论原告还是被告，都应尊重法院的决定，积极配合鉴定工作。法院的决定是基于案件的具体情况和需要作出的，具有权威性和公正性。
2. 合法行使权利：在鉴定过程中，双方当事人应合法行使自己的权利，不得干扰或阻碍鉴定工作的正常进行。任何试图干扰或阻碍鉴定工作的行为都可能受到法律的制裁。
3. 关注鉴定质量：选择具备相应资质和经验的鉴定机构，确保鉴定结果的准确性和可靠性。鉴定结果的质量直接影响到案件的判决结果，因此双方当事人都应高度重视。

综上所述，虽然被告在原告申请笔记鉴定时有权提出不同意，但最终是否进行鉴定由法院决定。如果法院认为鉴定是必要的，即使被告不同意，鉴定程序仍会进行。因此，建议双方当事人在面对鉴定申请时，应理性对待，尊重法院的决定，并积极配合鉴定工作。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。