违反公司法的处罚部门主要取决于具体的违法行为类型，不同违法行为由不同的执法部门进行处罚。以下是一些常见情况的分析：
市场监管部门（原工商行政管理部门）：
- 当公司违反公司法中关于公司登记、注册、变更、注销等规定时，如虚假注册、未按规定办理变更登记等，通常由市场监管部门负责处罚。市场监管部门有权对公司进行罚款、吊销营业执照等行政处罚。
证券监管机构（如中国证券监督管理委员会）：
- 对于上市公司或涉及证券市场的公司，如果违反公司法中关于信息披露、内幕交易、操纵市场等证券法规的规定，将由证券监管机构进行处罚。证券监管机构可以采取警告、罚款、市场禁入等措施。
税务部门：
- 如果公司违反公司法中关于税务方面的规定，如偷税漏税、未按规定申报纳税等，税务部门将负责进行税务稽查和处罚。税务部门可以追缴税款、加收滞纳金、罚款，甚至移送司法机关处理。
其他相关部门：
- 根据公司违法行为的性质和情节，还可能涉及其他执法部门，如环保部门（对于违反环保法规的公司）、劳动部门（对于违反劳动法规的公司）等。这些部门将根据其职责范围对公司进行相应的处罚。
法律建议：
- 公司应严格遵守公司法及相关法律法规的规定，确保合法合规经营。
- 如果公司面临处罚或涉嫌违法，应及时咨询专业律师，了解自身权利和义务，积极应对处罚或调查。
- 公司应建立健全内部合规制度，加强员工培训，提高法律意识，防范法律风险。
可能后果：
- 违反公司法的公司可能面临罚款、吊销营业执照、市场禁入等行政处罚。
- 如果违法行为构成犯罪，公司及其相关责任人员还可能面临刑事处罚。
- 违法行为还可能对公司声誉、信誉造成严重影响，进而影响公司的经营和发展。
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