违反公司法的调查部门主要取决于具体的违法行为类型和情节严重程度，一般来说，可能涉及以下几个部门：

1. 市场监督管理部门：

   • 市场监督管理部门是负责公司登记注册、市场监管等职责的部门。如果公司存在违反公司登记管理规定、虚假出资、抽逃出资、提供虚假财务报告等违法行为，市场监督管理部门有权进行调查，并依法给予行政处罚。

2. 证券监管机构（如中国证券监督管理委员会）：

   • 对于上市公司或涉及证券市场的公司，如果存在违反证券法律法规的行为，如信息披露违规、内幕交易、操纵市场等，证券监管机构将负责调查，并可能对公司及相关责任人进行处罚。

3. 公安机关：

   • 如果公司的违法行为涉嫌犯罪，如职务侵占、挪用资金、欺诈发行股票债券等，公安机关将依法进行刑事调查，并可能对公司及相关责任人采取刑事强制措施。

4. 其他相关部门：

   • 根据违法行为的性质，还可能涉及税务、海关、环保等其他相关部门。例如，如果公司存在偷税漏税行为，税务部门将负责调查；如果公司存在走私行为，海关部门将负责调查。

在调查过程中，各部门将依据其职责和权限，采取相应的调查措施，如查阅公司账簿、询问相关人员、封存证据等。同时，公司及相关责任人也有权依法进行陈述、申辩，并可以寻求法律帮助。

如果公司或个人认为调查部门的调查行为存在违法或不当之处，可以依法向相关部门提出申诉或投诉，甚至可以通过法律途径维护自己的合法权益。

作为公司或个人，应当严格遵守公司法及相关法律法规，避免违法行为的发生。如果面临调查或处罚，应当积极配合调查，依法行使自己的权利，并寻求专业律师的帮助以维护自己的合法权益。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。