农民工工资申请支付令的相关法律依据主要是《中华人民共和国民事诉讼法》的相关规定。具体来说：
《中华人民共和国民事诉讼法》第二百二十一条规定：“债权人请求债务人给付金钱、有价证券，符合下列条件的，可以向有管辖权的基层人民法院申请支付令：
申请书应当写明请求给付金钱或者有价证券的数量和所根据的事实、证据。债权人提出申请后，人民法院应当在五日内通知债权人是否受理。受理后，经审查债权人提供的事实、证据，对债权债务关系明确、合法的，应当在受理之日起十五日内向债务人发出支付令；债务人应当自收到支付令之日起十五日内清偿债务，或者向人民法院提出书面异议。债务人在前款规定的期间不提出异议又不履行支付令的，债权人可以向人民法院申请执行”。
因此，农民工在申请工资支付令时，应确保与雇主之间没有其他债务纠纷，且支付令能够送达雇主。同时，申请书需明确请求给付的工资数额及所依据的事实和证据。如符合上述条件，农民工可向有管辖权的基层人民法院提出申请，以维护自身的合法权益。