您好，针对您提出的问题，即基本农田已经栽种了果树应该如何处理，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，根据《中华人民共和国土地管理法》及相关法规，永久基本农田是禁止发展林果业的。这是为了保障国家的粮食安全，确保耕地主要用于粮食和棉、油、糖、蔬菜等农产品及饲草饲料的生产。
针对您已经栽种了果树的情况，这里有两种可能的处理方式：
补办手续并调整种植结构（但通常基本农田种果树补办手续较难获批）：
- 理论上，如果确实需要占用耕地种植果树，应向乡镇政府提出申请，由乡镇政府批准并落实耕地“进出平衡”后，报自然资源和规划局备案，才可以实施。但针对基本农田，这一流程通常难以获批，因为基本农田的保护级别更高，限制更严格。
移除果树并恢复耕种：
- 更实际且符合法规要求的做法是，将已经栽种的果树移除，并尽快恢复耕种粮食作物或其他符合耕地管理要求的农作物。
- 根据《中华人民共和国土地管理法实施条例》第五十一条，非法占用永久基本农田发展林果业的，由县级以上人民政府自然资源主管部门责令限期改正；逾期不改正的，将按占用面积处耕地开垦费2倍以上5倍以下的罚款。
具体建议：
- 立即停止在基本农田上发展林果业的行为，避免进一步的法律风险和罚款。
- 与当地自然资源主管部门和农业农村主管部门沟通，了解具体的恢复耕种要求和程序，以及可能的政策支持和指导。
- 根据农业生产现状和对耕作层的影响程度，在相关部门的指导下，制定恢复耕种的计划，并尽快实施。
- 如果确实难以恢复耕种，可以考虑与相关部门协商，看是否有可能将基本农田调出，但这通常是一个复杂且漫长的过程，且不一定能成功。
总结：
基本农田已经栽种了果树，最稳妥且符合法规要求的做法是移除果树并恢复耕种。补办手续在基本农田上通常难以获批，且可能面临法律风险和罚款。因此，建议您尽快与当地相关部门沟通，了解具体的恢复耕种要求和程序，并积极配合实施。