当工厂不再继续运营时，对于员工的处理是一个涉及劳动权益保障的重要问题。以下是根据相关法律法规和常见实践，为您提供的详细解答：
一、工资支付问题
停工停产期间：
- 如果工厂因非员工原因（如经营困难、市场变化等）停工停产，且停工停产时间未超过一个工资支付周期（通常为一个月），工厂应按照正常工作时间支付员工工资。
- 如果停工停产时间超过一个工资支付周期，工厂可以根据员工实际提供的劳动，按照双方新约定的标准支付工资。若工厂未安排员工工作，则应按照不低于当地最低工资标准的百分之八十支付员工生活费，直至工厂复工、复产或解除劳动关系。
工资支付保障：
- 工厂在停工停产期间支付工资或生活费的义务是法定的，旨在保障员工在非自身原因失业期间的基本生活。
- 如果工厂未按时支付工资或生活费，员工有权向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。
二、劳动关系处理
协商解除：
- 工厂可以与员工协商解除劳动关系，并按照相关法律法规支付经济补偿金。经济补偿金的计算通常基于员工在工厂的工作年限和月工资水平。
单方解除：
- 如果工厂因经营严重困难等原因需要单方解除劳动关系，应提前通知员工，并按照法律法规支付经济补偿金。同时，工厂应确保解除劳动关系的程序合法，避免引发劳动争议。
劳动合同终止：
- 如果工厂因破产、解散等原因需要终止劳动合同，应按照法律法规进行清算，并支付员工应得的工资、经济补偿金等费用。
三、员工权益保障途径
协商与调解：
- 员工可以与工厂进行协商，寻求双方都能接受的解决方案。如果协商不成，可以请工会或第三方共同参与调解，以达成和解协议。
劳动仲裁：
- 如果协商和调解均无法解决问题，员工可以向劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁。仲裁委员会将依法进行裁决，保障员工的合法权益。
法律诉讼：
- 如果员工对仲裁裁决不服，可以向人民法院提起诉讼。法院将依法审理案件，并作出公正判决。
四、建议与注意事项
保留证据：
- 员工应保留与工厂的劳动合同、工资单、工作证等证据，以便在需要时证明自己的劳动关系和工资水平。
及时咨询：
- 如果员工对工厂的处理方式有疑问或不满，应及时咨询劳动监察部门或律师，以了解自己的权益和可行的维权途径。
理性维权：
- 在维权过程中，员工应保持理性，避免采取过激行为。通过合法途径维护自己的权益，是更为有效和可持续的方式。
综上所述，当工厂不再继续运营时，员工的处理涉及工资支付、劳动关系处理以及员工权益保障途径等多个方面。员工应了解自己的权益和可行的维权途径，并在必要时寻求专业帮助，以维护自己的合法权益。