当股东辞职后，其持有的股权处理方式是一个涉及公司章程、股东间协议以及《公司法》等相关法律法规的综合性问题。以下是对此问题的详细解答：
一、基本原则
- 股东身份与职务分离：股东辞职仅意味着其辞去了在公司中的职务，但并不影响其作为股东的身份和所持有的股权。股东仍然享有分红权、表决权等股东权益。
- 合法合规处理：所有股权处理方式都必须严格遵循公司章程和《公司法》的规定，确保操作的合法性和合规性，以保护各方股东的合法权益。
二、具体处理方式
继续持有股权
- 如果公司章程没有明确规定股东辞职后必须转让股权，且其他股东也未提出异议，那么辞职的股东可以选择继续持有公司股权，享受相应的股东权益。
股权转让
- 内部转让：辞职的股东可以将其股权转让给公司内的其他股东。这种转让通常无需经过股东大会的批准，但需要通知其他股东，并按照公司章程或股东间协议的规定办理相关手续。
- 外部转让：如果辞职的股东希望将其股权转让给公司外的第三方，根据《公司法》的规定，需要经过其他股东过半数的同意，并且在同等条件下，其他股东享有优先购买权。转让过程需要签订书面协议，并办理工商变更登记手续。
公司回购
- 在某些情况下，公司可能会选择回购辞职股东的股权。这通常需要符合公司章程和法律法规的要求，并可能需要经过股东大会的决议。公司回购股权后，需要按照约定价格支付给辞职股东，并及时办理减资或股权变更手续。
依据公司章程的特殊规定处理
- 公司章程可能包含关于股东辞职后股权处理的特殊规定，如强制转让、协商回购等。这些规定需要严格按照章程执行，包括转让价格、条件等细节。
三、实际操作流程与注意事项
- 查阅公司章程：在处理辞职股东的股权之前，应首先查阅公司章程，明确股权转让、退股等相关条款，以确保操作的合规性。
- 保护其他股东权益：在股权转让过程中，应尊重和保护其他股东的优先购买权等合法权益，避免引发不必要的纠纷。
- 税务考虑：股权转让可能涉及税费问题，如个人所得税、印花税等。建议咨询专业税务顾问，以确保合规并优化税务处理。
- 及时办理手续：无论采取何种处理方式，都应及时办理工商变更登记等手续，确保股权变动的有效性和合法性。
四、案例分析（简化版）
- 案例一：某公司章程规定，股东辞职时需将股权以特定价格转让给公司指定的其他股东。此案例体现了公司章程对辞职股权处理的特殊规定。
- 案例二：股东辞职后，希望将其股权转让给公司外的第三方。根据《公司法》规定，他需书面通知其他股东征求同意，并处理优先购买权问题。此案例强调了《公司法》在外部股权转让中的适用性。
综上所述，股东辞职后的股权处理方式需根据公司章程、股东间协议及《公司法》等综合确定。在处理过程中，应确保操作合法合规，保护各方权益，并及时办理相关手续。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请咨询专业律师或相关机构。