要确认一笔款项是农民工工资而非工程款，可以从以下几个方面进行综合判断：

一、支付对象

农民工工资的支付对象是实实在在付出劳动的农民工个人，他们依靠自身的体力或脑力劳动获取报酬。相比之下，工程款的支付对象通常包括施工单位、分包商、材料供应商等多个主体，涉及工程的整体建设和多项费用。

二、款项性质

农民工工资是农民工付出劳务后应得的报酬，是他们劳动价值的直接体现，不包含其他费用。而工程款则更为复杂，它不仅包含了人工费用，还涵盖了材料费用、机械设备费用、管理费用以及施工单位期望获得的利润等多项内容。

三、合同依据

款项的性质与所依据的合同类型密切相关。如果依据的是劳动合同或劳务合同，那么这笔款项大概率是农民工工资款，因为这些合同是针对个人劳动的约定。若依据的是建设工程施工合同，那么这笔款项则可能是工程款，因为这类合同涉及整个工程的建设和多项费用的支付。

四、支付周期与方式

农民工工资通常按月支付，以保障他们的日常生活开销。而工程款则一般按照工程进度节点进行支付，如基础完工、主体完工等，根据工程的不同阶段进行结算。因此，支付周期和方式也是判断款项性质的重要依据。

五、证据支持

在判断款项性质时，还可以考虑相关的证据支持。例如，农民工工资的证据可能包括考勤记录、工资表、劳动合同等，这些都能反映农民工的工作时长、工资数额以及双方的权利和义务。而工程款的相关证据则可能包括工程承包合同、工程进度结算单、材料采购发票等，这些能证明工程的承包范围、完成进度以及款项的支付情况。

综上所述，通过综合考虑支付对象、款项性质、合同依据、支付周期与方式以及证据支持等方面，我们可以较为准确地判断一笔款项是农民工工资还是工程款。