在起诉离婚案件中，关于两个男孩子的抚养权归属，法院会依据最有利于未成年子女成长的原则进行综合判断，不会单纯因为性别而做出决定。以下是从不同角度的详细分析：
一、核心判断原则
法院在判决抚养权时，首要考虑的是孩子的最大利益，确保他们能在稳定、健康的环境中成长。这一原则贯穿于整个抚养权判决过程中，是法院综合评估所有因素的基础。
二、子女年龄与意愿的影响
两周岁以下：
- 原则上由母亲直接抚养，因为此阶段孩子对母亲的生理和情感依赖更强。但若母亲存在特定不利情形（如严重疾病、不尽抚养义务等），父亲请求直接抚养的，法院会予以支持。
两周岁以上八周岁以下：
- 若父母双方对抚养问题无法达成协议，法院将依据双方的具体条件，按照最有利于孩子的原则进行判决。这包括考量双方的经济状况、生活环境、教育资源、陪伴时间、过往抚养情况、健康状况以及有无不良嗜好等。
八周岁以上：
- 应当尊重孩子的真实意愿，因其已具备一定的认知和判断能力。法院会单独询问孩子的意见，并将其作为抚养权判决的重要参考因素，但仍会结合其他情况进行综合考量。
三、父母双方的抚养能力与条件
- 经济能力：稳定的收入是保障孩子基本生活和教育的基础。法院会评估双方的收入水平和工作稳定性，但并非单纯以经济条件作为决定性因素。
- 生活状况与居住环境：良好的居住环境和配套设施对孩子的成长至关重要。法院会考察住房条件、周边环境等，确保孩子能在安全、舒适的环境中生活。
- 教育背景与教育理念：父母的教育水平和教育理念直接影响孩子的成长。重视教育且具备较高教育水平的一方可能更有优势，但更重要的是能否为孩子提供适合的教育方式和资源。
- 与孩子的亲密程度：法院会考虑孩子与父母之间的亲密关系和依赖程度。长期与孩子生活在一起、建立了深厚感情联系并能提供持续稳定关爱和支持的一方，更有可能获得抚养权。
四、其他重要因素
- 孩子的生活习惯与环境：为减少对孩子成长的影响，法院倾向于维持孩子已习惯的生活环境，如学校、朋友圈等。
- 父母的意愿与态度：强烈的抚养意愿和愿意付出更多时间与精力照顾孩子的一方，会在判决中得到考虑。同时，双方对抚养的态度和是否愿意配合对方行使探望权也很重要。
- 不宜抚养的情形：若一方存在严重不良嗜好（如赌博、吸毒）、家庭暴力、虐待子女等行为，法院通常不会将抚养权判给该方。
- 祖父母或外祖父母的帮助：若父母双方抚养条件基本相同，但孩子长期与祖父母或外祖父母共同生活，且他们愿意并有能力帮助照顾孩子，这可作为优先条件考虑。
五、判决可能性
- 平衡双方权利与责任：法院可能会考虑将两个孩子分别判给父母双方，以平衡双方的责任和情感需求。但这并非绝对，具体还需根据孩子的实际情况和双方的具体条件来决定。
- 特殊抚养条件：当一方有更好的抚养条件，或另一方存在不利于孩子成长的因素时，法院可能会将两个孩子都判给一方。这通常发生在父母双方抚养条件差异较大的情况下。
- 轮流居住：在特定情况下，如双方都有良好的抚养条件且都愿意抚养孩子，法院可能会考虑让孩子轮流在双方家庭居住。但这种方式需要双方有高度的合作意愿和协调能力，以确保孩子的稳定成长环境。
总结与建议：在起诉离婚案件中，关于两个男孩子的抚养权归属问题，法院会综合考虑多种因素来做出判决。作为父母，你们应该理性对待这一问题，避免将孩子卷入冲突之中。如果你们对抚养权归属有争议，建议积极收集证据证明自己的抚养能力和条件更有利于孩子的成长，并尊重法院的判决结果。同时，无论抚养权最终归属哪一方，都应尽力维护孩子的合法权益和稳定成长环境。如果有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。