员工确实应该留存一份保密协议。这一做法不仅符合法律法规的要求，也是保障员工自身权益、便于履行保密义务以及作为未来维权依据的重要措施。以下从多个角度详细分析：

一、法律法规要求

1. 《中华人民共和国劳动合同法》第十六条：明确规定劳动合同文本由用人单位和劳动者各执一份。保密协议作为劳动合同的补充或部分，同样应遵循这一原则，即双方各持有一份协议文本。
2. 《中华人民共和国民法典》第四百六十九条：规定了合同的订立可以采用书面形式，且书面形式包括合同书、信件等可以有形表现所载内容的形式。保密协议作为合同的一种，采用书面形式能确保双方当事人明确知晓并协商一致其内容，将保密协议交付给员工，是确保员工知悉其权利和义务的必要步骤。

二、保障员工自身权益

1. 明确权利义务：员工留存保密协议后，可以随时查阅协议内容，明确自己在保密方面的具体责任和义务，以及违反保密协议可能面临的后果。这有助于员工在工作中避免因不了解协议条款而遭受不必要的损失。
2. 防止误解与违约：员工对保密协议内容的清晰了解，可以减少因误解或遗忘条款而导致的违约风险。例如，员工可能因不清楚某些信息的保密级别而无意中泄露，留存协议有助于员工时刻提醒自己遵守保密规定。

三、便于履行保密义务

1. 日常工作中自觉遵守：员工在留存保密协议后，可以更加清晰地了解自己在工作中需要遵守的保密规定，从而在日常工作中自觉履行保密义务，避免泄露公司机密。
2. 提升保密意识：保密协议的存在本身就是一种提醒，让员工时刻保持对保密工作的重视，有助于提升整个公司的保密文化。

四、作为维权依据

1. 纠纷解决的关键证据：如果未来发生与保密协议相关的纠纷或争议，员工手中的协议副本将成为重要的证据材料。无论是向劳动仲裁机构申请仲裁还是向法院提起诉讼，协议副本都能为员工的维权提供有力支持。
2. 维护合法权益：在纠纷中，员工可以凭借手中的保密协议证明双方存在保密约定以及违约方的具体违约情形，从而维护自身的合法权益。

五、注意事项与建议

1. 确保协议真实有效：员工在签署保密协议前，应仔细审阅协议内容，确保协议条款合法、合理且明确。如有任何疑问或异议，应及时与用人单位沟通并寻求法律意见。
2. 妥善保管协议副本：员工应妥善保管好保密协议的副本，避免遗失或损坏。同时，也要注意保护协议中的敏感信息，防止被他人非法获取或利用。
3. 及时关注协议变更：如果用人单位对保密协议进行变更或修订，员工应及时了解并确认新的协议内容。如有必要，可要求重新签署或补充协议。

举例说明：假设某员工在离职后，原用人单位以其违反保密协议为由提起诉讼。如果该员工留存了保密协议副本，就可以在诉讼中提供证据证明自己并未违反协议条款，或者即使存在争议，也能根据协议内容与用人单位进行有理有据的辩论。反之，如果员工没有留存协议副本，就可能面临举证困难的风险。

综上所述，员工留存一份保密协议是非常必要的。如果你在保密协议方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。