针对您提出的“闲置土地超过两年怎么处理”的问题，我将结合相关法律法规和实际操作流程，为您提供一个详细且深入的解答。

一、法律依据与处理原则

根据《中华人民共和国土地管理法》第三十八条及《闲置土地处置办法》（国土资源部令第53号），土地闲置满两年将依法进行处理。处理的原则主要是提高土地利用效率，防止资源浪费，并规范市场秩序，遏制“囤地炒地”行为。

二、具体处理方式

1. 无偿收回土地使用权：

   • 若土地因企业原因（如已动工但开发面积不足1/3或投资额不足25%，且中止开发满1年；或未动工开发满2年）闲置超过两年，政府有权无偿收回土地使用权。
   • 例如，某开发商拿地后长期未开发，被认定为闲置超2年，土地被无偿收回，并重新规划为公共绿地或其他用途。

2. 例外情形处理：

   • 若土地闲置是由于不可抗力、政府原因（如规划调整、拆迁未完成等）或政策变动导致的，处理方式需协商调整。
   • 在这种情况下，政府可能会采取延长开发期限、置换土地、协议收购等方式来解决闲置问题。

3. 征收闲置费：

   • 对于非政府原因造成的闲置土地，政府还可以按土地出让金的20%征缴闲置费，以督促企业尽快开发利用土地。

三、处理流程

1. 调查认定：

   • 自然资源部门会通过现场核查、资料审查等方式确认土地闲置的事实及原因。

2. 下达通知：

   • 向土地使用权人送达《闲置土地认定书》，明确处置方式及时限。

3. 听证权利：

   • 土地使用权人有权申请听证，陈述自己的意见和理由。

4. 执行措施：

   • 若属企业责任，政府将依法无偿收回土地并注销登记。
   • 若属政府原因，政府将与企业协商采取延长工期、置换土地、协议收购等方式解决。

四、对企业的影响与应对建议

1. 法律风险：

   • 企业可能面临土地被收回、高额违约金甚至信用受损等法律风险。

2. 经济损失：

   • 前期投入可能无法回收，资金链可能承压。

3. 应对策略：

   • 及时与政府部门沟通，说明原因并争取政策支持。
   • 加快开发进度，确保符合法定动工标准。
   • 如确需搁置土地，应提前办理延期手续并提供合理证明。

五、政策意义与实际操作建议

该规定的出台旨在提高土地利用效率，防止资源浪费，并规范市场秩序。在实际操作中，建议企业：

• 密切关注土地政策动态，确保合规经营。
• 在拿地前充分评估项目可行性和开发周期，避免盲目拿地导致闲置。
• 如遇不可抗力或政府原因导致土地闲置，应及时与政府部门沟通并寻求解决方案。

综上所述，闲置土地超过两年的处理方式主要依据相关法律法规进行，包括无偿收回土地使用权、征收闲置费以及协商调整等。企业在面对土地闲置问题时，应积极与政府部门沟通并采取相应的应对策略，以降低法律风险和经济损失。