在没有直接人证的情况下，运管部门仍可能通过其他证据对非法营运的营运车进行处罚，处罚措施通常包括罚款、扣车等，具体依据违法情节的严重程度而定。以下是详细分析：

1. 证据的多样性：

   • 在法律程序中，人证并非唯一的证据形式。运管部门在查处非法营运时，可以收集多种类型的证据，如物证（如车辆、营运工具等）、书证（如营运记录、交易凭证等）、视听资料（如监控录像、执法记录仪拍摄的画面等）以及电子数据（如手机通话记录、短信、微信聊天记录等）。
   • 这些证据可以单独或共同构成证明非法营运的完整证据链，即使没有人证，运管部门仍可能根据其他证据对违法行为进行认定。

2. 处罚的法律依据：

   • 根据《中华人民共和国道路运输条例》等相关法律法规，未经许可擅自从事道路运输经营的，属于违法行为，运管部门有权依法进行处罚。
   • 处罚措施通常包括罚款、扣车等，具体处罚幅度和方式会根据违法情节的严重程度、违法所得的数额等因素进行综合考量。

3. 处罚的实践操作：

   • 在实际执法过程中，运管部门会遵循法定程序，确保处罚的合法性和公正性。这包括调查取证、告知权利、听取陈述申辩、作出处罚决定等环节。
   • 如果当事人对处罚决定不服，可以依法申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

4. 特殊情况下的处理：

   • 如果确实缺乏直接证据证明非法营运行为，但运管部门根据其他线索和证据认为存在违法嫌疑的，可能会采取进一步调查措施，如询问当事人、调取相关证据等。
   • 在某些情况下，运管部门也可能与公安机关等部门协作，共同打击非法营运行为，确保道路运输市场的秩序和安全。

建议：

• 对于营运车驾驶员而言，应严格遵守相关法律法规，确保合法营运。如果因非法营运被运管部门查处，应积极配合调查，如实陈述事实，并依法维护自己的合法权益。
• 如果对处罚决定有异议或认为运管部门在执法过程中存在违法行为，可以及时咨询专业律师（即我本人），了解相关法律程序和维权途径。

如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。