在仲裁分公司时，通常可以根据具体情况将总公司一并列为被申请人，但并非绝对，需结合分公司是否具有独立承担民事责任的能力以及总公司与纠纷的实质关联性来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、分公司与总公司的法律地位
分公司：根据《中华人民共和国公司法》第十三条和第三十八条规定，分公司是总公司设立的分支机构，不具有法人资格，其民事责任由公司（即总公司）承担。这意味着分公司在法律上不能独立承担责任，其行为后果最终需由总公司承担。
总公司：作为设立分公司的法人实体，总公司对分公司的行为及其产生的民事责任负有最终责任，无论分公司是否能独立承担民事责任。
二、可以将总公司列为被申请人的情形
分公司不具有独立承担民事责任能力：
- 法律依据：《中华人民共和国民法典》第七十四条规定，分支机构以自己的名义从事民事活动，产生的民事责任由法人承担；也可以先以该分支机构管理的财产承担，不足以承担的，由法人承担。《中华人民共和国公司法》第十三条也规定分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
- 实例说明：如分公司与员工签订劳动合同后拖欠工资，若分公司财产不足以支付工资及相关赔偿，员工可将总公司一并列为被申请人，要求总公司承担剩余赔偿责任。
基于同一法律关系且总公司与纠纷存在实质关联：
- 法律依据：虽无明确法律规定，但根据仲裁或诉讼原理，若总公司在相关纠纷中与分公司基于同一法律关系存在不可分割的联系（如总公司直接干预、指示分公司行为或共同实施导致纠纷的行为），将总公司列为被申请人是合理的。
- 实例说明：在合同纠纷中，若分公司签订合同但总公司实际参与谈判、制定条款并直接下达指令导致违约，申请人可将总公司和分公司一并列为被申请人。
三、不可以将总公司列为被申请人的情形
- 分公司能够独立承担责任且总公司无关联行为：
- 解释：若分公司有足够的财产和能力独立承担民事责任，且总公司未参与到与纠纷相关的具体事务中，没有对分公司的行为进行干预或指示，则通常不需将总公司列为被申请人。
- 实例说明：分公司在经营过程中与供应商签订采购合同后未能按时支付货款，但分公司有独立财产足以支付货款及违约金，且总公司对此无任何参与或干预，此时供应商只需将分公司列为被申请人即可。
四、特殊情况与仲裁协议的约束力
- 特殊情况：若总公司能提供充分证据证明分公司的债务是其自主经营、自负盈亏且与总公司财务状况独立核算的，总公司可能会减轻或免除责任。
- 仲裁协议的约束力：关于分公司签署的仲裁协议是否约束总公司，不同仲裁机构和法院存在不同观点。一些认为由于分公司民事责任由总公司承担，因此仲裁协议对总公司具有约束力；而另一些则持相反意见。在具体案件中需根据仲裁机构的规定和案件具体情况来判断。
五、建议
在仲裁分公司时是否将总公司一并列为被申请人，需根据具体法律关系和事实情况来确定。如果你面临此类问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供准确的法律意见，并帮助你制定合适的仲裁策略，以确保你的权益得到有效保护。