刑事案件已经立案，在达成调解的情况下，并不意味着案件一定能撤销，是否撤销案件需根据具体法律条件和实际情况来判断。以下是对此问题的详细分析：
一、可以撤销案件的情形
情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的：
- 如果案件的事实和情节尚未达到犯罪的程度，或犯罪行为对社会造成的危害极小，根据法律规定不构成犯罪，那么即使已经立案，也可以撤销案件。例如，某些轻微的盗窃行为，若未造成实质性损失且金额极小，可能被视为情节显著轻微而不予追究。
犯罪已过追诉时效期限的：
- 刑法为各类犯罪规定了追诉时效期限。超过该期限，司法机关将不再追诉，此时案件可以撤销。具体时效根据法定最高刑的不同而有所差异，最长可达二十年。例如，若某罪行法定最高刑为3年有期徒刑，案发后5年未发现，则即使后续发现也应撤销案件。
经特赦令免除刑罚的：
- 特赦是由国家元首或最高权力机关发布的命令，对特定犯罪人免除其全部或部分刑罚。若犯罪嫌疑人或被告人经特赦令免除刑罚，则相关刑事案件应当撤销。
犯罪嫌疑人、被告人死亡的：
- 若犯罪嫌疑人或被告人在刑事诉讼过程中死亡，由于刑事责任的承担主体已不存在，案件应当撤销。
其他法律规定免予追究刑事责任的：
- 除上述情形外，若依照其他法律规定不追究刑事责任，案件同样可以撤销。例如，依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的，案件可以撤销。
二、调解与撤销案件的关系
调解本身不直接导致案件撤销：
- 调解是刑事诉讼中的一种解决纠纷的方式，它可以在侦查、起诉、审判等各个阶段进行。调解的目的是通过双方协商，达成和解协议，从而化解矛盾。然而，调解本身并不直接导致案件的撤销。案件是否撤销，仍需根据上述法律条件来判断。
调解可能作为撤销案件的参考因素：
- 在某些情况下，调解的结果可能作为司法机关判断案件是否符合撤销条件的参考因素。例如，如果双方通过调解达成了和解协议，且犯罪嫌疑人或被告人积极履行了协议中的义务，司法机关可能会考虑撤销案件或作出不起诉决定。但这并非绝对，仍需根据具体案件情况来决定。
三、撤销案件的程序和注意事项
程序：
- 撤销案件通常需要经过严格的审查程序。对于公安机关立案侦查的案件，需得到公安机关负责人的批准；对于检察机关自行侦查的案件，则需由检察长亲自决定。在审查过程中，司法机关会综合考虑案件的事实、情节、法律适用等因素，确保撤销案件的合法性和正当性。
注意事项：
- 撤销案件必须严格遵守法律程序和原则，不得违反法律规定或损害当事人的合法权益。
- 在撤销案件前，应充分保障犯罪嫌疑人、被害人等涉案人员的知情权、参与权等合法权益。
- 撤销案件后，应及时通知相关涉案人员及其家属，确保信息透明和公正。
总结来说，刑事案件已经立案后，即使达成调解，也不意味着案件一定能撤销。是否撤销案件需根据具体法律条件和实际情况来判断。如果你或你身边的人遇到此类问题，建议直接向我咨询，我会根据具体情况提供详细的法律建议和帮助。