结论前置：擅自离职后公司不发放工资是不合法的，劳动者有权要求公司支付其应得的工资，并可以通过法律途径来维护自己的合法权益。
法律背景与解析
工资支付义务：
- 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，只要劳动者提供了正常的劳动，无论其离职方式如何，公司都有义务支付其应得的工资。
擅自离职与工资支付的关系：
- 擅自离职可能违反了公司的规章制度，但这并不构成公司拒绝支付工资的理由。擅自离职与劳动者已经付出的劳动以及应得的工资是两个不同的法律关系。公司不能因为劳动者的擅自离职行为而拒绝支付其应得的工资。
经济损失赔偿与工资支付的区分：
- 如果劳动者的擅自离职行为给公司造成了经济损失，公司可以要求劳动者赔偿经济损失。但这一赔偿与支付劳动者应得工资是两个不同的法律关系，不能混为一谈。公司不能以赔偿经济损失为由拒绝支付劳动者的工资。经济损失的赔偿可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则应按最低工资标准支付。
劳动者权益与维权途径
劳动者权益：
- 劳动者有取得劳动报酬的权利，这是受法律保护的。即便是擅自离职，对于已经付出劳动的部分，公司也应按照约定支付相应工资。
维权途径：
- 协商：首先尝试与公司协商解决，向公司说明其做法的违法性，要求支付工资。
- 投诉：若协商不成，可以向劳动监察部门投诉，由劳动监察部门责令公司限期支付工资。
- 劳动仲裁与诉讼：申请劳动仲裁是另一种有效的维权方式。在仲裁过程中，劳动者需要提供相关证据（如劳动合同、工资条、考勤记录等）以证明自己的工作情况和应得工资数额。若对仲裁结果不满意，还可以向人民法院提起诉讼，进一步维护自己的合法权益。
实际操作中的注意事项
- 保存证据：在维权过程中，劳动者应妥善保存与用人单位存在劳动关系及收入水平的相关证据，如工作记录、工资条、考勤记录等。这些证据将有助于证明劳动者的劳动关系和工资情况，为维权提供有力支持。
- 合理离职程序：尽管劳动者有权自行离职并要求支付工资，但建议劳动者在离职时遵循合理的程序进行，如提前通知用人单位、办理离职手续等。这有助于避免不必要的纠纷和损失。
综上所述，擅自离职后公司不发放工资是违法的。劳动者应了解自己的合法权益，并通过法律途径积极维权。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。