在办理营业执照时，如果租房合同上的承租人与法人不是同一人，这通常不会构成直接的问题，但需要提供一些额外的证明文件来明确双方的关系以及房屋使用的合法性。以下是需要准备的主要证明文件及步骤：
一、基础文件准备
变更房屋租赁登记备案申请表（如适用）：
- 如果租房合同有变更或需要重新备案，需填写此表，并由个人签字加手印或公司盖公章加法定代表人签名。
房屋租赁合同：
- 提供原始的房屋租赁合同，确保合同上明确标注了承租方和出租方的信息，以及租赁期限、租金等关键条款。
- 如果合同上有任何变更，如租赁期限延长、租金调整等，需同时提供变更协议书，并由双方签字确认。
租赁双方身份证明：
- 承租方（即租房合同上的承租人）和出租方的身份证明复印件，网上申报时可能需要上传原件。
- 如果承租方或出租方是公司，则需提供公司的统一社会信用代码证（营业执照）复印件。
产权证明：
- 房产证或不动产证的复印件，以证明出租方对房屋的所有权。
- 如果房屋有抵押，需提供抵押证明材料、房产证或不动产证复印件并加盖抵押银行公章，同时附上银行同意出租函。
二、特殊情况下的证明文件
租赁合同与法人关系证明：
- 由于租房合同上的承租人与法人不是同一人，需要提供一份说明文件，解释两者之间的关系。例如，可以是一份由法人签署的声明，说明承租人是其授权代表或员工，有权代表法人使用该房屋进行经营活动。
- 或者，如果承租人是法人的关联公司或合作伙伴，可以提供相关的合作协议或关联关系证明。
房屋无偿使用证明（如适用）：
- 如果房屋是由法人无偿提供给承租人使用的，需要提供一份房屋无偿使用证明，明确说明房屋的使用性质、期限以及双方的权利义务。
授权委托书（如适用）：
- 如果法人委托承租人代为办理营业执照相关事宜，需要提供一份授权委托书，明确委托事项、期限以及双方的身份信息。
三、其他注意事项
- 确保所有文件真实有效：所有提供的证明文件必须真实、有效，且符合相关法律法规的要求。
- 咨询当地市场监督管理局：由于不同地区的具体要求可能有所不同，建议在办理前咨询当地的市场监督管理局或相关部门，了解具体的办理流程和所需材料。
- 准备齐全后提交申请：将所有准备好的文件整理齐全后，按照当地市场监督管理局的要求提交申请，并等待审核结果。
综上所述，当租房合同上的承租人与法人不是同一人时，需要提供一系列额外的证明文件来明确双方的关系以及房屋使用的合法性。希望这些信息能对您有所帮助。