申请离职与自动离职的核心区别在于程序合法性、法律后果及经济补偿等方面存在显著差异，具体分析如下：

1. 程序合法性

   • 申请离职：指劳动者依据《劳动合同法》第三十七条，提前30日（试用期3日）以书面形式通知用人单位解除劳动合同。此行为符合法定程序，属于合法解除劳动关系。
     
   • 自动离职：通常指劳动者未履行法定通知义务，擅自离职或长期旷工导致用人单位单方解除劳动关系。若用人单位规章制度明确规定“旷工X日视为自动离职”，则可能构成合法解除；但若制度未明确或程序违法，可能被认定为违法解除。

2. 法律后果

   • 申请离职：
     
     • 劳动关系自通知期满后合法终止，劳动者无需承担违约责任；
       
     • 用人单位需在离职时一次性结清工资，并出具离职证明；
       
     • 若用人单位存在未及时支付劳动报酬、未依法缴纳社保等违法行为，劳动者可主张经济补偿。
       
   • 自动离职：
     
     • 若用人单位制度合法且程序合规，劳动者可能因违反规章制度被扣发工资或承担赔偿责任（如造成损失）；
       
     • 若用人单位制度违法或未履行告知义务，可能被认定为违法解除，需支付赔偿金（2N）；
       
     • 劳动者可能因未办理工作交接导致用人单位拒绝出具离职证明，影响后续就业。

3. 经济补偿与赔偿

   • 申请离职：
     
     • 劳动者主动离职一般无经济补偿，但若用人单位存在《劳动合同法》第三十八条情形（如拖欠工资、未缴社保），可主张N个月工资的经济补偿。
       
   • 自动离职：
     
     • 用人单位合法解除时，无需支付补偿；
       
     • 若被认定为违法解除，需支付2N个月工资的赔偿金；
       
     • 劳动者若给用人单位造成损失，可能需按实际损失赔偿（需用人单位举证）。

4. 实务建议

   • 对劳动者：
     
     • 优先选择申请离职，保留书面通知证据（如邮件、签字文件），避免自动离职的法律风险；
       
     • 若被迫自动离职，需收集用人单位违法证据（如拖欠工资记录、未缴社保证明），以便后续维权。
       
   • 对用人单位：
     
     • 完善规章制度，明确“自动离职”的定义及处理流程（如旷工天数、通知程序）；
       
     • 解除劳动关系时需履行法定程序（如通知工会、出具解除证明），避免违法解除风险。
       

总结：申请离职是合法、低风险的离职方式，而自动离职可能引发劳动争议。建议双方均遵循法定程序，以减少法律风险。如有具体案件细节，可进一步向我咨询。