老板发现主管克扣工资的情况，通常可以通过以下几种途径，我为你详细梳理一下：
员工直接投诉或举报
员工如果发现自己的工资被克扣，很可能会直接向老板反映情况，或者通过公司内部的投诉渠道（如人力资源部门、工会等）进行举报。这是老板发现此类问题最直接的方式。
财务或审计部门的例行检查
公司财务或审计部门在定期审查工资发放记录时，可能会发现某些员工的工资与应发金额不符，或者存在异常扣款的情况。这种情况下，部门会进一步调查，并将问题上报给老板。
工资单或银行流水对比
老板或财务人员可能会定期核对员工的工资单与银行流水，以确保工资发放的准确性。如果发现某位员工的实际到账金额与工资单上的金额不一致，且没有合理的解释（如个人所得税、社保等法定扣款），就可能怀疑存在克扣工资的情况。
员工之间的交流或匿名举报
员工之间可能会私下交流工资情况，如果发现某位员工的工资明显低于其他同岗位员工，且没有合理的解释，就可能引发怀疑。此外，员工也可能通过匿名举报的方式向老板反映主管克扣工资的问题。
外部监管或法律诉讼的触发
如果公司存在克扣工资的行为，且情节严重，可能会引发劳动监察部门的介入调查，或者员工提起劳动仲裁甚至诉讼。在这种情况下，老板不仅会发现主管克扣工资的问题，还可能面临法律责任和声誉损失。
建议：作为员工，如果发现自己的工资被克扣，应保留好相关证据（如工资单、银行流水、工作记录等），并及时向老板或相关部门反映情况。作为老板，应建立健全的工资管理制度和监督机制，确保工资发放的透明和公正，避免类似问题的发生。如果有任何法律疑问或需要进一步的帮助，可以直接向我咨询。