当老板发现克扣工资后，员工可以采取以下处理措施来维护自己的合法权益：

1. 保持冷静，了解原因并尝试协商：

   • 首先，员工应保持冷静，尝试与老板或公司人力资源部门直接沟通，了解克扣工资的具体原因。
   • 在沟通过程中，明确表达自己的立场和诉求，要求老板或公司给出合理解释及补偿方案。如果是因为误解或计算错误导致的，双方可以协商解决，达成和解协议。这是解决问题最直接、成本最低的方式。

2. 寻求内部调解：

   • 若初步沟通无果，员工可进一步请求公司内部更高层级的管理人员或相关部门介入调解，以期达成和解。内部调解往往能更快地解决问题，同时避免矛盾激化。

3. 向调解组织申请调解：

   • 若公司内部无法解决问题，员工可向当地的劳动争议调解委员会或其他中立调解机构申请调解。这些机构会提供专业、公正的第三方协助，帮助双方解决争议。

4. 向劳动监察部门投诉：

   • 员工应准备充分的证据材料（如劳动合同、工资条、考勤记录等），向当地劳动监察部门投诉举报。
   • 法律依据：根据《劳动保障监察条例》第十一条规定，劳动保障行政部门有权对用人单位遵守劳动保障法律、法规和规章的情况进行监督检查，包括支付劳动者工资的情况。
   • 操作步骤：携带相关证据材料，前往当地人力资源和社会保障局的劳动监察大队或相关机构进行投诉。劳动监察部门将依法对用人单位进行调查，并可能责令其限期支付拖欠的工资；逾期不支付的，还可能面临额外的赔偿金责任。

5. 申请劳动仲裁：

   • 如调解和投诉均未能解决问题，员工可在知道或应当知道权利被侵害之日起一年内，向当地的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条规定，因劳动报酬发生的争议属于劳动争议范畴，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
   • 操作步骤：撰写仲裁申请书，详细说明克扣工资的事实和理由，并附上相关证据材料。将仲裁申请书和相关证据材料提交给当地的劳动争议仲裁委员会。仲裁委员会将依法进行裁决，该裁决具有法律效力。

6. 提起诉讼：

   • 若员工对劳动仲裁裁决不服，可在收到裁决书之日起十五日内向人民法院提起诉讼。
   • 适用情况：如果用人单位拒不履行仲裁裁决，或者员工对仲裁结果不满意，可以通过诉讼途径进一步维护自己的权益。
   • 注意事项：在诉讼过程中，员工需要提供充分的证据证明用人单位存在克扣工资的行为。法院将根据事实和法律规定作出判决，用人单位必须履行法院的生效判决。

7. 寻求法律援助与联合行动：

   • 在整个维权过程中，员工可随时寻求专业的法律援助，以便更深入地了解自己的法定权益及维权途径，提高维权的效率和成功率。
   • 若遭遇类似情况的员工较多，可考虑联合其他同事共同采取行动，通过集体协商、集体投诉或集体诉讼等方式增强维权力量。

预防与总结：

• 为避免不必要的纠纷，建议员工在入职时详细了解公司的规章制度、薪酬福利政策及劳动合同条款。
• 在维权过程中，员工应始终保持理性、合法的态度和行为，避免采取过激手段导致自身权益受损。

面对老板克扣工资的情况，员工应积极采取措施维护自己的合法权益，同时注重证据的收集和保存，以确保维权过程的顺利进行。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。