结论：个人所得税上的工资收入和实发工资不符，不一定能直接起诉单位，需根据具体情况分析原因并采取相应措施。以下从多个角度进行详细分析：
一、可能的原因及初步处理
税务申报错误：
- 情况说明：单位在申报个人所得税时，可能由于疏忽或计算错误，导致申报的工资收入与实际发放的工资不符。
- 处理建议：首先，应与单位财务部门或人力资源部门沟通，核实税务申报情况，要求单位更正错误的申报信息。
扣除项目差异：
- 情况说明：个人所得税的计算涉及多项扣除项目，如社保、公积金、专项附加扣除等。如果单位在计算实发工资时扣除了某些项目，但在税务申报时未正确反映，也会导致两者不符。
- 处理建议：同样，应与单位沟通，了解扣除项目的具体情况，确保税务申报与实际发放一致。
二、法律途径及条件
协商与调解：
- 情况说明：在发现个人所得税申报与实发工资不符后，应首先尝试与单位进行协商和调解，寻求双方都能接受的解决方案。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》的相关规定，劳动者与用人单位发生劳动争议时，可以协商解决，也可以申请调解。
劳动仲裁：
- 情况说明：如果协商和调解无果，且认为单位的行为侵犯了自己的合法权益，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
- 申请条件：需提交相关证据，如工资条、税务申报记录等，证明单位存在错误申报或克扣工资的行为。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第五条，发生劳动争议，当事人不愿协商、协商不成或者达成和解协议后不履行的，可以向调解组织申请调解；不愿调解、调解不成或者达成调解协议后不履行的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。
诉讼途径：
- 情况说明：如果对劳动仲裁结果不满意，或者单位不履行仲裁裁决，可以向人民法院提起诉讼。
- 诉讼准备：需准备充分的证据材料，包括工资条、税务申报记录、与单位的沟通记录等，以证明自己的主张。
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动法》第七十九条，劳动争议发生后，当事人可以向本单位劳动争议调解委员会申请调解；调解不成，当事人一方要求仲裁的，可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。当事人一方也可以直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。对仲裁裁决不服的，可以向人民法院提起诉讼。
三、注意事项
保留证据：
- 在整个过程中，务必保留好所有与工资和税务相关的证据材料，如工资条、银行转账记录、税务申报记录等。
及时行动：
- 发现个人所得税申报与实发工资不符后，应及时与单位沟通并采取措施，避免超过法律规定的时效期限。
专业咨询：
- 如果对法律程序或证据准备有疑问，可以向我咨询，我会根据具体情况提供专业的法律建议。
总结：个人所得税上的工资收入和实发工资不符时，应首先与单位沟通核实原因，尝试协商和调解解决。如果无法解决，可以根据具体情况选择劳动仲裁或诉讼途径维护自己的合法权益。在整个过程中，务必保留好相关证据材料，并及时行动。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。