保全保函费是否应由被告承担，需视具体情况而定，但通常情况下，若原告胜诉，保全保函费可由被告承担。以下是对此问题的详细分析：

一、保全保函费的性质与作用

保全保函费是申请人在申请财产保全时，为向法院提供担保而向担保机构（如保险公司）支付的费用。其作用在于确保在保全申请错误时，申请人能够赔偿被申请人的损失。保全保函费虽然并非诉讼费用的一部分，但司法实践中通常认为其属于因诉讼而产生的合理费用。

二、保全保函费的承担原则

1. 一般原则：

   • 在诉讼中，保全保函费通常由申请人先行垫付。若申请人胜诉，保全保函费可由被告承担，原告可在判决执行阶段通过申请执行索回垫付的保全保函费。
   • 若申请人败诉，则保全保函费需由申请人自行承担。

2. 特殊情况：

   • 合同约定：如果双方在合同中明确约定了保全保函费的承担方式，那么应按照合同约定执行。例如，在借款合同中可能约定若借款人违约导致出借人采取保全措施，相关担保费用由借款人承担。
   • 法律规定或司法实践：在某些特定类型的案件中，如知识产权侵权纠纷等，根据相关法律规定或司法实践，法院可能会判决被告承担原告为制止侵权行为所支付的合理开支，包括保全保函费。
   • 被告过错导致保全：若因被告的过错（如恶意转移财产）导致原告不得不申请财产保全并产生保函费，法院在综合考虑案件具体情况后，可能会判决被告承担该费用。

三、保全保函费与保全费的关系

保全费是申请财产保全时，申请人需按照法院规定向法院缴纳的费用，以确保保全程序的顺利进行。保全费与保全保函费虽然性质不同，但都是因诉讼保全而产生的费用。在诉讼中，保全费通常也遵循“败诉方承担”的原则。若申请人胜诉，保全费由败诉方承担；若申请人败诉，则保全费由申请人自行承担。保全保函费的承担原则与保全费类似，但更侧重于考虑合同约定、法律规定或司法实践以及被告的过错等因素。

四、实际操作建议

1. 在申请财产保全时，申请人应仔细评估保全保函费的金额和承担风险。如果可能，尽量在合同中明确约定保全保函费的承担方式，以降低自身风险。
2. 在诉讼过程中，申请人应积极收集证据，证明保全保函费的合理性和必要性。例如，提供担保机构的收费标准、保函内容等证据，以支持自己的主张。
3. 如果申请人认为被告应承担保全保函费，应在诉讼过程中明确提出请求，并说明理由。法院会根据案件具体情况和相关法律法规进行裁决。

举例说明：假设在一起借款合同纠纷中，原告申请财产保全并支付了保全保函费。如果合同中明确约定了保全保函费由被告承担，且原告胜诉，那么法院可能会判决被告承担保全保函费。如果合同中没有约定，但被告存在恶意转移财产等过错行为，导致原告不得不申请财产保全并产生保函费，法院在综合考虑案件具体情况后，也可能会判决被告承担该费用。

综上所述，保全保函费的承担问题涉及多个方面，包括合同约定、法律规定或司法实践以及被告的过错等因素。在实际操作中，应根据具体案件情况和相关法律法规进行妥善处理。如果您有具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。