汽车指标租赁协议在大多数情况下是不合法的，这主要基于以下几个方面的法律分析：

1. 违反法律法规：

   • 汽车指标，尤其是车牌指标，通常与特定的车辆和车主紧密相关，具有专车专用的性质。许多地区的法律法规明确规定，车牌指标不得转让、出租。例如，《中华人民共和国机动车登记办法》中就有关于车牌专车专用的规定，虽然未直接提及租赁，但租赁行为本质上违反了这一原则。
   • 在一些实行车牌限购政策的城市，如北京、上海等，政府还出台了具体的管理规定，明确禁止车牌的出租、出借行为。这些规定旨在合理配置公共资源，缓解交通拥堵，改善环境质量。

2. 违背公序良俗：

   • 汽车指标租赁行为破坏了车牌资源的公平分配秩序，使部分人通过不正当手段获取车牌使用资格，损害了其他遵守规则者的利益。这种行为违背了社会公共道德和公平原则，即公序良俗。
   • 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，违背公序良俗的民事法律行为无效。因此，汽车指标租赁协议很可能因违背公序良俗而被认定无效。

3. 潜在的法律风险：

   • 如果汽车指标租赁协议被认定无效，双方因该协议取得的财产应当相互返还。承租方需归还车牌指标，出租方则需退还已收取的租金。
   • 此外，租赁期间因车辆使用产生的纠纷，如交通事故赔偿责任、违章处理等，不能仅依据无效的租赁协议来确定双方的权利和义务，而应依法进行处理。这可能给双方带来额外的法律风险和经济损失。

针对汽车指标租赁协议的建议：

• 了解并遵守相关法律法规：在签订汽车指标租赁协议前，务必详细了解当地的交通法规和政策，确保协议的合法性和有效性。避免因为违反法律法规而面临法律风险和经济损失。
• 谨慎决策：鉴于汽车指标租赁协议的复杂性和潜在的法律风险，建议在签订前充分权衡利弊，谨慎决策。如果确实需要获取车牌指标，应通过正规渠道向交通管理部门申请办理。
• 咨询法律专业人士：如果你对汽车指标租赁协议的合法性或相关法律风险有疑问，可以直接向我咨询。作为专业律师，我可以为你提供详细的法律解释和专业的法律建议。

综上所述，汽车指标租赁协议在大多数情况下是不合法的，且可能带来严重的法律后果。因此，建议遵守相关法律法规和政策规定，合法使用车牌指标，以确保自身权益不受损害。