核心结论：逾期90天后还款是否优先抵扣本金，需结合合同约定、法律规定及司法实践综合判断。若合同无明确约定，通常按“先息后本”顺序处理；但若合同明确约定或司法实践支持“先本后息”，则可能优先抵扣本金。以下从法律框架、合同约定、司法实践三个角度展开分析：

1. 法律框架：无强制“先本后息”规定，但允许约定优先

根据《民法典》第六百七十四条，借款人应按约定支付利息；第六百七十五条要求借款人按约定期限还款。法律未强制规定逾期90天后必须优先抵扣本金，但允许借贷双方通过合同约定还款顺序（如“先本后息”或“先息后本”）。若合同无约定，则需参考行业惯例或司法实践。

例外情形：若利息计算明显超出法定上限（如LPR4倍），超出部分可能被认定为无效，此时超出利息可能被优先抵扣本金。

2. 合同约定：明确“先本后息”条款是关键

若借款合同中明确约定“逾期超过90天后，还款优先抵扣本金”，则该条款具有法律效力，双方需按约定执行。此类条款需满足以下条件：

• 条款合法性：不得违反法律强制性规定（如利率上限）；
• 条款明确性：需清晰写明“优先抵扣本金”的具体条件（如逾期天数、还款顺序）；
• 借款人知情权：条款需以显著方式提示借款人（如加粗、单独说明），避免因“格式条款无效”被否定。

建议：若您是借款人，签订合同时可要求明确还款顺序；若您是出借人，需确保条款合法且已履行提示义务。

3. 司法实践：部分法院支持“先本后息”，但需结合具体案情

在无合同约定时，司法实践中对逾期还款顺序的认定存在差异：

• “先息后本”为主流：多数法院认为，逾期利息是借款人因违约需承担的补偿，应优先于本金偿还（参考《最高人民法院关于审理民间借贷案件适用法律若干问题的规定》第二十九条）。
• “先本后息”的例外：若借款人能证明出借人存在过错（如未及时催收导致利息累积），或利息计算明显不合理，部分法院可能支持优先抵扣本金。

案例参考：某法院判决中，借款人逾期90天后还款，法院认为“出借人未及时主张权利导致利息过高”，最终判决还款优先抵扣本金。

行动建议

1. 审查合同：若您涉及逾期还款纠纷，首先核对合同中是否有“还款顺序”条款；
2. 协商解决：与对方协商明确还款顺序，避免争议升级；
3. 法律程序：若协商无果，可收集证据（如合同、还款记录、沟通记录）向法院起诉，由法院根据具体案情判决。

温馨提示：法律问题需结合具体证据和案情分析，若您有进一步疑问，可直接向我咨询，我会根据您的实际情况提供详细解答。