结论前置：
- 借款利息不得预先在本金中扣除，若预先扣除，应按实际借款数额返还借款并计算利息。
- 还款顺序：若贷款协议中有明确约定，则按约定处理；若无约定或约定不明确，则依法应先支付利息，再偿还本金。
详细分析：
一、借款利息不得预先扣除
根据《中华人民共和国民法典》第六百七十条的规定，借款的利息不得预先在本金中扣除。这一规定是为了保护借款人的合法权益，防止贷款人通过预先扣除利息的方式变相提高借款利率，从而损害借款人的利益。
举例说明：若双方约定借款1万元，但贷款人预先扣除了1000元作为利息，那么实际借款本金应为9000元。借款人后续只需按照9000元本金计算并偿还利息，而非按照约定的1万元本金计算。
二、还款顺序的约定与法律默认
有明确约定的情况：
- 贷款协议中若明确约定了还款顺序，如“先息后本”、“等额本息”或“等额本金”等，则应按照约定处理。
- “先息后本”：在规定期限内，借款人首先支付利息，最后一期一次性偿还全部本金。
- “等额本息”：每期还款金额相同，包含本金和利息，随着还款进行，本金和利息比例发生变化。
- “等额本金”：每期还本金相同，利息逐渐减少，因计算利息的基础随本金减少而减少。
无明确约定或约定不明确的情况：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百六十一条的规定，债务人在履行主债务外还应当支付利息和实现债权的有关费用，其给付不足以清偿全部债务的，除当事人另有约定外，应当按照下列顺序履行：首先是实现债权的有关费用，其次是利息，最后是主债务。即一般先支付利息，再偿还本金。
三、签订贷款协议的建议
为避免不必要的纠纷和风险，建议在签订贷款协议时，务必明确约定还款方式、还款期限以及每期应还的本金和利息等关键信息。这有助于确保双方权益得到明确保护，减少未来可能出现的法律争议。
四、法律后果
- 若贷款人预先扣除利息，借款人可以按照实际借款数额返还借款并计算利息，从而维护自己的合法权益。
- 若还款顺序约定不明确，且双方无法达成一致意见，则可能引发法律纠纷。在此情况下，法院将依据法律规定和实际情况进行裁决，以确定还款顺序和金额。
总结与建议：
在借款关系中，本金与利息的处理以及还款顺序均应遵循法律规定和贷款协议的约定。作为借款人，应仔细审查贷款协议条款，确保自己的权益得到充分保护。若遇到任何疑问或纠纷，可以直接向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律建议和帮助。