关于公司进行罚款是否违法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来综合判断。以下是我为您详细分析的内容：
一、公司罚款的一般违法性
在大多数情况下，公司直接对员工进行罚款是违法的。这是因为：
法律依据：根据《中华人民共和国行政处罚法》，罚款是行政处罚的一种，只能由行使国家行政权力的行政管理机关或法律授权行使行政权力的机构行使。公司并不属于行政机关，因此无权对员工进行罚款。同时，《劳动合同法》等相关法律也明确规定，用人单位不得对劳动者进行罚款。
实践情况：尽管一些公司可能会在规章制度中规定对员工的罚款条款，但这些条款如果没有法律依据，通常会被认定为无效。例如，规定员工迟到一次罚款50元，这种缺乏法律依据的规定是不合法的。
二、公司罚款的合法情况
尽管公司罚款在大多数情况下是违法的，但在某些特定情况下，公司的罚款行为可能具有合法性：
基于法律法规授权：若法律、法规明确赋予公司对员工某些行为进行罚款的权力，如金融行业依据行业监管规定对违规员工进行罚款，则公司的罚款行为具有合法性。
基于劳动合同约定：当员工与公司在劳动合同中明确约定了罚款条款，且该约定不违反法律法规的强制性规定时，公司的罚款行为可能具有一定合法性。但需注意，该约定应公平合理，不能过分加重员工负担。
基于合法有效的规章制度：公司制定的规章制度若经过民主程序制定，并已向员工公示，且其中明确规定了对员工违规行为的罚款措施（罚款的金额、方式等需合理），则公司依据该规章制度进行的罚款可能是合法的。但同样，规章制度的内容必须合法，不能违反法律法规的强制性规定。
三、公司应如何合法处理员工违规行为
为了避免违法罚款的风险，公司应采取合法、合理的方式来处理员工的违规行为：
经济赔偿：若员工的行为给公司造成了经济损失，公司可以依据劳动合同的约定要求员工赔偿。但赔偿应以当地最低工资标准为限，并从员工本人的工资中扣除，且每次扣减的金额不应超过当月工资总额的20%。扣除后剩余工资不得低于当地政府制定的月最低工资标准。
其他合法手段：公司可以通过警告、记过、降级、撤职等合法手段来处理员工的不当行为，以维护公司的正常秩序和员工的行为规范。
四、员工权益保护
如果公司违法对员工进行罚款，员工有权采取以下措施来维护自己的合法权益：
投诉与调解：员工可以向劳动监察部门投诉，或尝试与用人单位协商解决，或通过企业劳动争议调解委员会、人社部门申请调解。
劳动仲裁与诉讼：员工还可以向有管辖权的劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁。对仲裁结果不满意时，员工可以进一步提起诉讼，以法律手段维护自己的权益。
总结：公司罚款行为的合法性需根据具体情况来判断。公司应依法制定规章制度，并通过合法手段处理员工的不当行为；同时，劳动者也应了解自己的合法权益，并在权益受到侵害时及时维权。