在施工合同中，专用条款的解释权通常大于中标通知书，但具体需结合合同条款的约定及法律规定综合判断。以下从不同角度展开分析：

1. 合同文件优先顺序的约定
   根据《建设工程施工合同（示范文本）》（GF-2017-0201）通用条款第1.5条，合同文件的组成及优先顺序一般为：
   
   • 合同协议书
     
   • 中标通知书（如有）
     
   • 投标函及其附录（如有）
     
   • 专用合同条款及其附件
     
   • 通用合同条款
     
   • 技术标准和要求
     
   • 图纸
     
   • 已标价工程量清单或预算书
     
   • 其他合同文件
     

若专用条款中明确约定了与中标通知书冲突时的处理规则（如“专用条款与中标通知书不一致的，以专用条款为准”），则专用条款的效力优先。这种约定体现了当事人意思自治原则，法律通常予以尊重。

1. 中标通知书的法律性质
   中标通知书是招标人向中标人发出的承诺，根据《民法典》第四百八十四条，承诺生效时合同成立。但施工合同通常需通过签订书面合同（如合同协议书、专用条款等）进一步明确权利义务。中标通知书本身仅构成合同成立的初步证据，其内容可能被后续签订的合同文件覆盖或修改。
   例如：若中标通知书约定工期为300天，但专用条款明确修改为360天，且双方已签署确认，则应以专用条款为准。

2. 例外情形：中标通知书构成实质性变更
   根据《招标投标法》第四十六条，招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。若专用条款对中标通知书的实质性内容（如工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等）作出重大修改，可能因违反法律强制性规定而被认定无效。
   此时，中标通知书中关于实质性内容的约定可能具有优先效力，但需通过诉讼或仲裁确认修改条款的无效性。

3. 实务建议

   • 审查合同文件：核对专用条款是否明确约定了文件优先顺序，或是否对中标通知书内容作出修改。
     
   • 区分实质性条款与非实质性条款：对工期、价款等实质性内容的修改需谨慎，避免违反《招标投标法》。
     
   • 保留证据：若发生争议，需提供合同文件、招标文件、中标通知书等完整证据链，以支持己方主张。

总结：在大多数情况下，专用条款的解释权大于中标通知书，但需以不违反法律强制性规定为前提。若您遇到具体合同纠纷，可进一步提供合同条款内容，我将为您分析具体条款的效力及风险。