建设工程通用合同条款与专用合同条款的区别主要体现在以下几个方面：
一、定义与性质
通用条款：是根据法律、行政法规规定及建设工程施工的需要订立，通用于建设工程施工的条款。这些条款是标准化的，适用于大多数建设工程合同，体现了建筑行业的交易习惯和法律法规的基本要求。
专用条款：是发包人与承包人根据法律、行政法规规定，结合具体工程实际，经协商达成一致意见的条款。专用条款是对通用条款的具体化、补充或修改，以适应特定工程项目的特殊需求。
二、内容与范围
通用条款：通常包括一般约定、发包人、承包人、监理人、工程质量、安全文明施工与环境保护、工期和进度、材料与设备、试验与检验、变更、价格调整、合同价格、计量与支付、验收和工程试车、竣工结算、缺陷责任与保修、违约、不可抗力、保险、索赔和争议解决等方面的内容。这些条款为合同当事人提供了基本的权利和义务框架。
专用条款：则根据具体工程项目的特点，对通用条款中的某些内容进行细化、补充或修改。例如，可以针对某一特定工程项目的质量要求、工期安排、支付方式等进行详细约定，以满足项目的特殊需求。
三、法律效力与适用
通用条款：作为合同的一部分，通用条款具有法律效力。但是，如果专用条款对通用条款进行了修改或补充，并且这些修改或补充是合法有效的，那么专用条款将优先于通用条款适用。
专用条款：专用条款是合同当事人根据具体工程项目情况协商达成的，因此具有更高的针对性和适用性。在合同执行过程中，如果发生争议，专用条款将作为解决争议的重要依据。
综上所述，建设工程通用合同条款与专用合同条款在定义、性质、内容与范围以及法律效力与适用等方面都存在明显的区别。通用条款提供了基本的合同框架和权利义务约定，而专用条款则根据具体工程项目情况进行细化和补充，以满足项目的特殊需求。在签订建设工程合同时，合同当事人应充分考虑通用条款和专用条款的关系和适用方式，以确保合同的合法性和有效性。