《建工司法解释二》对已签约合同的处理主要依据合同效力及履行情况，分以下情形处理：

1. 合同有效且正常履行
   若已签约的建设工程合同不存在法定无效情形（如无资质、未招投标、转包/违法分包等），且双方已按约定履行主要义务（如施工方完成工程、发包方支付工程款），则合同继续有效，双方需按约定结算工程价款、承担违约责任等。例如，施工方已完工且质量合格，发包方应按合同约定支付工程款。

2. 合同无效但工程验收合格
   若合同因违反法律强制性规定（如未取得建设工程规划许可证、未招投标等）被认定无效，但工程经竣工验收合格，根据《建工司法解释二》第11条，承包人可请求参照合同约定支付工程价款。此时，合同虽无效，但价款结算条款仍可能被参照适用，以保障实际施工人的权益。

3. 合同无效且工程验收不合格
   若合同无效且工程验收不合格，需分情况处理：

   • 修复后合格的，发包人可请求承包人承担修复费用；
     
   • 修复后仍不合格的，承包人无权请求支付工程价款，且需赔偿发包人因此遭受的损失（如拆除重建费用、工期延误损失等）。
     例如，施工方因偷工减料导致工程不合格，发包方有权要求其返工或赔偿损失。

4. 合同解除后的处理
   若合同因一方违约（如发包方未支付工程款、施工方擅自停工）或不可抗力导致解除，根据《建工司法解释二》第8-10条：

   • 已完工部分质量合格的，发包人应支付相应工程款；
     
   • 因解除造成损失的，过错方需赔偿对方损失（如施工方因发包方违约解除合同，可要求赔偿停工损失、预期利润等）；
     
   • 若合同约定了违约金或定金条款，非违约方可选择适用。

实务建议：

• 签约前需审查合同效力（如资质、招投标程序），避免因无效合同导致权益受损；
  
• 履行过程中注意保留证据（如施工记录、验收报告、付款凭证），以便在纠纷中主张权利；
  
• 若合同履行出现障碍，及时通过书面形式催告对方履行或主张解除合同，避免损失扩大。
  

如有具体合同纠纷或需要进一步分析，可直接向我咨询。