针对您提出的“建工司法解释二实施后正在审理的建工合同案件怎么处理”这一问题，以下是我为您提供的详细解答：
一、合同效力与黑白合同的处理
合同效力认定：
- 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（二）》（以下简称“建工司法解释二”）第1条，必须招标的项目若未招标而签订的合同无效。但若承包人已实际施工且工程质量合格，法院可参照合同约定进行折价补偿。
- 对于非必须招标的项目，若因违反法律、行政法规的强制性规定导致合同无效，同样需根据工程实际情况进行结算。
黑白合同处理：
- 若备案的中标合同与非中标合同在工期、价款、质量标准等核心条款上存在实质性差异，应以备案合同为准。
- 在非强制招标项目中，若当事人自愿备案的合同可作为结算依据。若存在多份合同均无效的情况，法院将根据实际履行情况来确定双方的权利义务。
二、开工日期与竣工日期的司法认定
开工日期争议解决：
- 法院在认定开工日期时，会优先考虑发包人或监理人发出的开工通知。若无法确定，则以实际进场施工时间为准。若仍无法确定，则依据其他证据（如会议纪要）进行判定。
- 若因发包人原因导致迟延开工，承包人主张以实际进场日为开工日的，需提供监理日志或施工记录等证据佐证。
竣工日期判定规则：
- 若工程已通过竣工验收合格，则以验收报告载明的日期为准。
- 若发包人未经验收即擅自使用工程，则以转移占有之日为竣工日。
- 对于甩项竣工的情况，即部分工程通过验收的，法院可分段确认竣工日期。
三、工程质量纠纷的处理原则
质量责任划分：
- 承包人在保修期内出现质量问题需无偿修复，若因重大缺陷导致损失，应承担赔偿责任。
- 发包人若提供的设计文件、建筑材料不合格或指示不当造成质量问题，则由发包人承担责任。
质量争议举证分配：
- 承包人需证明工程符合设计文件和国家标准。
- 发包人则需证明质量问题系承包人原因所致。
四、工程价款的结算规则
计价方式优先级：
- 若合同约定明确，则按合同约定计价（如固定总价或单价）。
- 若合同约定不明，则参考当地定额标准或市场价据实结算。
工程量变更计价方法：
- 若有签证，则按签证内容调整价款。
- 若无签证，则承包人需在约定期限内提出索赔，逾期视为认可变更价款。
审计结论效力边界：
- 对于政府投资项目，审计结论作为结算依据的前提是合同有明确约定。
- 对于社会审计，第三方机构出具的审计报告需经双方确认方具约束力。
五、实际施工人的权利保护
代位权行使条件：
- 实际施工人可向发包人主张欠付工程款，但需证明转包或违法分包事实及自身施工行为。
- 在多层转包中，与实际施工人无直接合同关系的中间转包人不承担连带责任。
优先受偿权限制：
- 仅限与发包人形成事实上建设工程施工合同关系的实际施工人享有优先受偿权。
- 优先受偿权的行使期限为自发包人应给付工程款之日起6个月内。
六、程序性规则的细化规定
管辖权争议处理：
- 建设工程施工合同纠纷由不动产所在地法院专属管辖。
- 若当事人约定仲裁，则法院不予受理，除非仲裁协议无效。
表见代理构成要件：
- 行为人需持有授权委托书、公章等足以使相对人相信其有代理权的表象。
- 相对人需善意且无过失地相信行为人有代理权。
实践建议
- 合同管理：完善招投标程序，避免签订黑白合同；明确开工、竣工、验收等关键节点条款。
- 证据留存：施工过程中及时办理签证、会议纪要，保存设计变更、材料检验等书面文件。
- 风险防控：对实际施工人资质严格审查，避免因转包或违法分包引发连带责任。
- 法律救济：发生纠纷时优先协商调解，必要时委托专业律师进行诉讼或仲裁。
希望以上解答能对您有所帮助。若您还有其他问题或需要进一步的法律咨询，请随时告知。