结论：房屋出租人（第三人）在将房屋租给承租人（原告）后，再以未办理房产证为由主张排除妨害，这一行为是否合法，需根据具体情况分析，一般而言，若租赁合同有效且承租人无过错，出租人的主张可能不合法。以下从多个角度进行详细分析：
一、租赁合同效力分析
合同成立与生效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，租赁合同自双方当事人意思表示一致时成立并生效，除非法律另有规定或当事人另有约定。
- 在本例中，若出租人与承租人已就房屋租赁事宜达成一致，并签订了书面租赁合同，且合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，不违背公序良俗，则该租赁合同自成立时即具有法律效力。
房产证与租赁合同的关系：
- 房产证是房屋所有权的证明文件，但并非租赁合同生效的必要条件。
- 出租人未办理房产证，并不影响其作为房屋合法使用人或管理人的身份（在符合其他条件的情况下，如通过继承、赠与等方式获得房屋使用权），也不影响其与承租人签订的租赁合同的效力。
二、出租人主张排除妨害的合法性分析
排除妨害的法律依据：
- 排除妨害是物权保护的一种方式，通常适用于物权受到不法侵害时，物权人请求侵害人停止侵害、排除妨碍、恢复原状等。
- 在本例中，若出租人确实拥有房屋的所有权或合法使用权，且承租人的租赁行为确实构成了对出租人物权的侵害（如未经同意擅自改变房屋结构、用途等），则出租人有权主张排除妨害。
出租人主张排除妨害的合法性判断：
- 若租赁合同有效且承租人无过错：出租人以未办理房产证为由主张排除妨害，通常不具有合法性。因为房产证并非租赁合同生效的必要条件，且承租人基于有效的租赁合同占有、使用房屋，不构成对出租人物权的侵害。
- 若租赁合同无效或承租人存在过错：如出租人未取得房屋所有权或合法使用权、租赁合同内容违法或违背公序良俗、承租人未经同意擅自改变房屋结构或用途等，则出租人主张排除妨害可能具有合法性。但此时，出租人需承担证明租赁合同无效或承租人存在过错的举证责任。
三、法律建议
对于承租人：
- 在签订租赁合同时，应要求出租人提供房屋所有权或合法使用权的证明文件（如房产证、购房合同、继承或赠与证明等），以确认出租人的身份和房屋的权属状况。
- 若出租人未能提供相关证明文件，但承租人基于其他合理理由（如出租人长期实际占有、使用房屋且无争议）相信出租人拥有房屋的所有权或合法使用权，并签订了租赁合同，则承租人应保留好相关证据（如租赁合同、租金支付凭证、房屋使用状况照片或视频等），以备不时之需。
- 若出租人以未办理房产证为由主张排除妨害，承租人可依据有效的租赁合同和相关证据进行抗辩，并寻求法律援助或通过诉讼途径维护自己的合法权益。
对于出租人：
- 在将房屋出租前，应确保自己拥有房屋的所有权或合法使用权，并办理好相关证明文件（如房产证）。
- 若因特殊原因未能及时办理房产证，但确需将房屋出租的，应向承租人说明情况，并在租赁合同中明确约定相关事项（如房产证办理情况、租赁期限、租金支付方式等），以避免可能的纠纷和风险。
- 若承租人确实存在侵害出租人物权的行为（如未经同意擅自改变房屋结构或用途等），出租人应依法主张权利，但需承担相应的举证责任。
总结：房屋出租人（第三人）在将房屋租给承租人（原告）后，再以未办理房产证为由主张排除妨害，这一行为是否合法需根据具体情况分析。若租赁合同有效且承租人无过错，出租人的主张可能不合法。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。