结论：分包合同无效时，违约金条款通常也无效，但在特定情形下，如果违约金条款被特别约定为解决争议的方法，并因此获得独立性，则可能在合同无效时依然有效。
一、分包合同无效时违约金条款通常无效
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十五条：“无效的或者被撤销的民事法律行为自始没有法律约束力。”违约金条款作为分包合同的一部分，当分包合同被认定无效时，该条款同样失去法律约束力。
逻辑分析：
- 违约金是当事人通过约定而预先确定的，旨在违约行为发生后生效的独立于履行行为之外的给付。分包合同无效意味着合同约定的权利义务关系自始不存在，因此，违约失去了基础，违约金条款自然无法发挥作用。例如，若分包合同因违反法律法规的强制性规定而被认定无效，那么合同中的所有条款，包括违约金条款，都将被视为自始无效。
二、例外情况：解决争议方法的条款独立生效
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第五百零七条：“合同不生效、无效、被撤销或者终止的，不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力。”
特殊情形：
- 如果违约金条款被特别约定为解决双方争议的方式，并因此被视为解决争议方法的条款，那么它可能具有独立性，不受分包合同无效的影响。但在司法实践中，对“解决争议方法的条款”通常做狭义理解，主要指的是仲裁条款、选择受诉法院的条款等，一般不包括违约金条款。除非有明确的特别约定，且该约定符合法律法规的规定，否则违约金条款不会被认定为解决争议的条款。例如，若分包合同中约定“若因本合同发生争议，违约方需支付违约金X万元，并可通过诉讼解决”，且该约定被法院认定为具有独立性，那么在合同无效的情况下，违约金条款可能仍然有效。
三、分包合同无效的法律后果
财产返还与折价补偿：
- 根据《中华人民共和国民法典》第一百五十七条的规定，分包合同无效后，行为人因该行为取得的财产应当予以返还；不能返还或者没有必要返还的，应当折价补偿。这意味着，如果分包合同无效，双方可能需要返还已经取得的财产，或者进行折价补偿。
损失赔偿：
- 有过错的一方应当赔偿对方因此所受到的损失；各方都有过错的，应当各自承担相应的责任。这意味着，虽然违约金条款无效，但有过错方仍需承担因其过错给对方造成的损失赔偿责任。例如，若因分包商的过错导致分包合同无效，且给发包方造成了损失，那么分包商应当承担相应的赔偿责任。
四、建议
- 在签订分包合同时，双方应确保合同内容合法合规，避免违反法律法规的强制性规定，以减少合同无效的风险。
- 如果需要在合同中约定违约金条款，应明确该条款的性质和目的，避免将其与解决争议的方法混淆。
- 在合同无效的情况下，双方应积极协商处理后续事宜，包括财产返还、折价补偿和损失赔偿等。如果协商不成，可以寻求法律途径解决争议。
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