针对大型水库被承包人捕捞过度的问题，核心处理思路是依据相关法律法规，通过行政监管、民事追责、刑事追责等多维度手段进行规制，同时可结合生态修复机制保障水库生态平衡。具体分析如下：

一、行政监管层面：依据水生生物资源保护法规进行处罚

根据《中华人民共和国渔业法》第三十八条，使用炸鱼、毒鱼、电鱼等破坏渔业资源方法进行捕捞的，或违反禁渔区、禁渔期的规定进行捕捞的，或使用禁用的渔具、捕捞方法和小于最小网目尺寸的网具进行捕捞的，由县级以上人民政府渔业行政主管部门没收渔获物和违法所得，处五万元以下罚款；情节严重的，没收渔具，吊销捕捞许可证；情节特别严重的，可以没收渔船；构成犯罪的，依法追究刑事责任。

若承包人存在上述行为，水库管理方或当地渔业主管部门可依据该条款进行处罚。例如，若承包人使用小于最小网目尺寸的网具进行捕捞，导致幼鱼被大量捕捞，破坏水库生态平衡，主管部门可没收其渔获物、违法所得及渔具，并处以罚款。

二、民事追责层面：通过合同约定或侵权责任主张赔偿

1. 合同违约责任
   若水库承包合同中明确约定了捕捞方式、捕捞量、禁渔期等生态保护条款，承包人违反约定进行过度捕捞，水库管理方有权依据《民法典》第五百七十七条要求其承担违约责任，包括赔偿损失、继续履行合同（如停止过度捕捞行为）等。例如，合同约定承包人每年捕捞量不得超过水库总鱼量的10%，但承包人实际捕捞量达到20%，管理方可要求其赔偿因过度捕捞导致的鱼量减少损失。

2. 侵权责任
   若承包人的过度捕捞行为导致水库生态破坏（如水生生物多样性减少、水质恶化等），水库管理方或受影响的第三方（如周边居民、渔业养殖户）可依据《民法典》第一千二百二十九条主张其承担环境侵权责任，要求赔偿生态修复费用、经济损失等。例如，承包人过度捕捞导致水库鱼类减少，藻类大量繁殖引发水华，影响周边居民用水安全，居民可要求承包人赔偿水质治理费用。

三、刑事追责层面：构成犯罪的依法追究刑事责任

若承包人的过度捕捞行为情节严重，可能构成非法捕捞水产品罪。根据《刑法》第三百四十条，违反保护水产资源法规，在禁渔区、禁渔期或者使用禁用的工具、方法捕捞水产品，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役、管制或者罚金。

“情节严重”的认定标准包括：非法捕捞水产品价值一万元以上；在禁渔区内使用禁用的工具或者方法捕捞的；在禁渔期内使用禁用的工具或者方法捕捞的；等等。例如，承包人在禁渔期内使用电鱼方法捕捞，非法捕捞水产品价值达两万元，可依法追究其刑事责任。

四、生态修复机制：要求承包人承担生态修复责任

除上述法律责任外，水库管理方可要求承包人承担生态修复责任，如投放鱼苗、修复水域生态等。根据《环境保护法》第六十四条，因污染环境和破坏生态造成损害的，应当依照《侵权责任法》的有关规定承担侵权责任（现对应《民法典》侵权责任编）。若承包人的过度捕捞行为导致水库生态破坏，管理方可要求其采取恢复措施，或委托第三方进行修复，费用由承包人承担。

总结建议

1. 立即制止行为：水库管理方应第一时间制止承包人的过度捕捞行为，固定证据（如现场照片、视频、渔获物称重记录等）。
   
2. 启动行政程序：向当地渔业主管部门举报，要求依法处罚。
   
3. 评估损失：委托专业机构评估生态损失及经济损失，为民事索赔或刑事附带民事诉讼提供依据。
   
4. 协商或诉讼：与承包人协商赔偿及生态修复方案；协商不成，可向法院提起民事诉讼或刑事附带民事诉讼。
   

若您是水库管理方或受影响方，可进一步向我提供合同内容、捕捞行为细节等，我将为您制定更具体的应对方案。