结论：这种情况建议写在协议里，以避免后续可能出现的纠纷和误解。下面我将从多个角度为你详细分析。

法律背景与协议的重要性

在中介合同纠纷中，协议是明确双方权利和义务的重要法律文件。它不仅记录了交易的基本条款，还规定了双方在交易过程中的责任和义务。对于你提到的“开始中介要我两千元，后来又不要了”的情况，这涉及到中介费用的变更或免除，是一个重要的交易细节。

1. 避免后续纠纷：如果这一变更没有记录在协议中，后续中介可能会以最初约定的费用为由向你主张权利，导致你陷入不必要的法律纠纷。
2. 明确双方意图：将这一变更写入协议，可以明确双方对于中介费用的真实意图，避免因为口头约定或记忆模糊而产生的误解。
3. 保障交易安全：协议是交易安全的保障。通过书面形式记录交易细节，可以在发生争议时提供有力的证据，维护你的合法权益。

实际操作建议

1. 与中介协商：首先，你应该与中介进行协商，明确双方对于中介费用的变更或免除达成一致意见。
2. 修改协议：在协商一致的基础上，对原有的中介合同协议进行修改，将中介费用的变更或免除条款明确写入协议中。修改时，应确保条款清晰、明确，避免使用模糊或歧义的表述。
3. 双方签字确认：修改后的协议应由双方签字确认，以确保协议的合法性和有效性。签字确认后，协议即成为双方共同遵守的法律文件。

可能的法律后果

1. 如果未写入协议：如果中介费用的变更或免除没有写入协议，而后续中介又以此为由向你主张权利，你可能需要承担举证责任，证明双方确实存在这样的变更或免除约定。这可能会给你带来不必要的麻烦和损失。
2. 如果写入协议：如果这一变更或免除被明确写入协议，并由双方签字确认，那么协议就具有了法律效力。如果后续中介违反协议约定，你可以依据协议向其主张权利，维护自己的合法权益。

建议：为了保障你的合法权益和避免后续纠纷，我建议你将中介费用的变更或免除情况明确写入中介合同协议中，并由双方签字确认。如果你在操作过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。