结论前置：协商离职后，劳动者在特定情形下仍然可以申请劳动仲裁。具体能否仲裁，取决于协商离职过程中是否存在违法或不当情形，以及是否在法定时效内提出仲裁申请。
可以申请仲裁的情形
存在欺诈、胁迫或乘人之危
- 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第二十六条，以欺诈、胁迫的手段或者乘人之危，使对方在违背真实意思的情况下订立或者变更劳动合同的，该劳动合同无效或部分无效。
- 实例说明：若用人单位在协商离职时，隐瞒了关键信息（如即将发放的奖金、未支付的加班费等），或者以不正当手段迫使劳动者同意离职，劳动者可以主张欺诈或胁迫，申请劳动仲裁要求恢复劳动关系或获得相应的经济补偿。
协商离职协议未履行或未完全履行
- 法律依据：若协商离职协议中约定了用人单位应支付的经济补偿金、工资、加班费等未兑现，劳动者可以依据协议申请劳动仲裁，要求用人单位履行支付义务。
- 实例说明：双方协商离职时，用人单位承诺支付一定数额的经济补偿金，但离职后未支付，劳动者可以就此申请仲裁。
涉及未明确协商的劳动争议事项
- 法律依据：劳动争议受案范围包括因劳动合同订立、履行、变更、解除等发生的争议，以及因工作时间、休息休假、社会保险、劳动报酬等发生的争议。
- 实例说明：若协商离职时，双方未就加班工资、未休年假工资等事项进行协商或达成一致，劳动者离职后可以就这些事项单独申请劳动仲裁。
离职协议存在重大误解或显失公平
- 法律依据：根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第三十五条，协商解除协议存在重大误解或者显失公平情形，当事人请求撤销的，人民法院应予支持。
- 实例说明：若离职协议中约定的经济补偿金数额明显低于法定标准，或者劳动者在签订协议时对关键条款存在重大误解，劳动者可以申请仲裁要求撤销或变更协议。
不可以申请仲裁的情形
- 若协商离职是双方真实意思表示，过程合法合规，且协议已明确权利义务并履行完毕，劳动者通常不得再就同一事项申请仲裁。例如，双方平等自愿协商解除劳动合同，用人单位按约支付了补偿金，劳动者也办理了离职手续且无其他争议声明，此时再申请额外补偿一般不会被支持。
仲裁时效与流程
- 仲裁时效：根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二十七条，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，自当事人知道或应当知道其权利被侵害之日起计算。对于劳动关系存续期间因拖欠劳动报酬发生的争议，劳动者申请仲裁不受一年时效期间的限制；但劳动关系终止的，应当自劳动关系终止之日起一年内提出。
- 仲裁流程：劳动者应准备好仲裁申请书、身份证件及相关证据材料（如劳动合同、工资条、考勤记录、离职协议等），向有管辖权的劳动争议仲裁委员会提交申请。仲裁委员会将在收到申请后5日内决定是否受理，并安排开庭时间进行审理。
证据的重要性与建议
- 在申请劳动仲裁时，提供充分且有效的证据是至关重要的。劳动者应尽可能收集并保留与争议事项相关的所有证据，如工作证、考勤记录、银行流水、离职协议、沟通记录等。
- 建议：若劳动者在协商离职后发现存在上述可仲裁的情形，应及时咨询并委托专业律师，以确保在有效期内有效维护自身合法权益。
综上所述，协商离职后能否仲裁取决于多种因素。劳动者在面临此类问题时，应仔细分析具体情况，并在必要时寻求专业法律帮助。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。