在处理公司章程对股权继承的限制问题时，我们首先要明确的是，根据《中华人民共和国公司法》第七十五条的规定，自然人股东死亡后，其合法继承人原则上可以继承股东资格，但这一权利并非绝对，而是受到公司章程的约束。以下是对这一问题的详细解答：

一、公司章程对股权继承的合法约束

公司章程作为公司的“宪法”，具有至高无上的地位，它规定了公司内部的各项事务，包括股东的权利和义务、股权的转让和继承等。因此，在股权继承问题上，如果公司章程作出了特别规定，这些规定将优先于法律的一般原则而适用。这种约束是合法的，但必须在法律法规的框架内进行，并遵循公平合理原则。

二、公司章程可能设定的股权继承限制情形

1. 限制股东资格继承：

   • 公司章程可以规定，在某些特定情况下（如公司业务具有人身属性或专业技能要求），继承人仅能继承股东的财产权益，而不能直接获得股东资格。这种情况下，公司或其他股东可以按照约定价格回购股权，以确保公司的专业性和运营效率。

2. 设定继承条件：

   • 公司章程还可以设定合理的继承条件，如年龄、教育背景、商业经验等，或者要求继承人通过考核程序。这些条件旨在确保新股东具备参与公司经营管理的能力和素质，同时保持公司的稳定性和连续性。

3. 调整股权结构：

   • 在多个继承人继承股权的情况下，公司章程可以规定对股权进行合并、分割或强制收购，以避免股权过度分散影响决策效率，或维持公司股权结构的稳定性。

三、公司章程设定股权继承限制的原则

1. 不得违反法律法规的强制性规定：

   • 公司章程中的股权继承约束必须严格遵守国家法律法规，不得剥夺继承人的合法财产继承权。任何试图完全剥夺继承人股权继承权的规定都可能被视为无效。

2. 需遵循公平合理原则：

   • 公司章程中的股权继承规定应当公平、合理且具可操作性。设定的继承条件不应过高或不切实际，导致继承人无法继承股权；同时，对于股权回购价格等重要事项，应有明确的定价机制，以保障继承人的合法权益。

四、实际操作建议

在处理具体的股权继承问题时，建议相关当事人首先仔细查看公司章程的具体规定，以确定是否存在对股权继承的特别约定。如果公司章程没有相关规定，那么合法继承人可以依法继承股东资格。但如果公司章程有明确规定，则应严格按照章程规定执行，以确保股权继承的合法性和有效性。若遇到争议或不明确之处，建议及时咨询专业律师以获取法律意见和帮助。

综上所述，公司章程在股权继承方面的约束是合法的，但必须在法律法规的框架内进行，并遵循公平合理原则。在制定或修改公司章程时，股东们应充分考虑股权继承问题，并结合公司的实际情况和未来发展需要做出相应规定。