公司章程可以在合法范围内对股东权利进行合理限制，但这些限制不得违反法律法规的强制性规定，也不得剥夺股东的基本权益。以下从不同角度进行详细分析：
一、公司章程限制股东权利的法律依据
《公司法》的相关规定：
- 《公司法》第七十一条规定，有限责任公司的股东之间可以相互转让其全部或者部分股权。股东向股东以外的人转让股权，应当经其他股东过半数同意。公司章程对股权转让另有规定的，从其规定。这表明公司章程在股权转让方面有一定的自治权，可以对股东权利进行限制。
- 《公司法》第七十四条则规定了股东在特定情况下可以请求公司收购其股权的情形，如公司连续五年不向股东分配利润等。虽然这并未直接说明公司章程可以限制股东权利，但为公司章程在特定情境下对股东权利进行合理调整提供了法律空间。
公司章程的自治性：
- 公司章程是公司内部治理的基本准则，体现了股东的意思自治。它可以根据公司的实际情况和股东的需求，对股东权利进行合理限制。这种限制应当遵循公平、合理原则，不得损害股东的合法权益。
二、公司章程限制股东权利的具体情形
股权转让限制：
- 公司章程可以规定股东转让股权的方式、程序等，如要求股东在转让股权前必须经过其他股东的同意，或者规定转让股权时其他股东享有优先购买权等。这些限制有助于维护公司的人合性和稳定性。
股东权利行使限制：
- 在特定情况下，公司章程可以对股东权利的行使进行限制。例如，对于未履行出资义务或抽逃全部出资的股东，公司章程可以规定其利润分配请求权、新股优先认购权等权利受到限制。这种限制有助于督促股东履行出资义务，维护公司的资本充实。
继承股份股东权利限制：
- 根据《公司法》第七十五条，自然人股东死亡后，其合法继承人可以继承股东资格；但公司章程另有规定的除外。这意味着公司章程可以在合法范围内对继承股份的股东权利进行合理限制，如规定继承人继承股份后在一定期限内无表决权等。
三、公司章程限制股东权利的注意事项
不得违反法律强制性规定：
- 公司章程的限制条款不能与法律的强制性规定相抵触。例如，不能剥夺股东的基本财产权（如分红权）或知情权等基本权利。否则，这些条款将被认定为无效。
保护股东合法权益：
- 公司章程的限制应公平、合理，不得损害股东的正当权益。如果限制过于严苛，导致股东无法获取公司盈利分配或无法正常行使股东权利，法院可能会判定该条款无效。
遵循程序正当性：
- 公司章程对股东权利的限制应当遵循程序正当性原则。例如，在修改公司章程时，应当经过股东会的合法程序表决通过，并确保所有股东都知晓并同意相关限制条款。
四、实际案例分析
以某公司为例，小何作为公司股东未履行出资义务，经公司催告后仍未缴纳。公司召开股东会，通过决议对小何的利润分配请求权、新股优先认购权等股东权利作出限制。根据法律规定，若股东未履行出资义务且经催告仍未缴纳的，公司可通过股东会决议对其相关股东权利作出合理限制。因此，该公司的做法具有法律依据。但同时，公司也需确保限制条款的公平性和合理性，避免损害小何的合法权益。
总结来看，公司章程可以在合法范围内对股东权利进行合理限制，但必须遵循法律法规的强制性规定和公平、合理原则。在实际操作中，公司应当谨慎制定公司章程条款，确保限制条款的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律建议，请直接向我咨询。