当仲裁机构或公司（作为被申请人一方）收到证据后，通常会按照以下流程处理，我将从仲裁机构的处理程序和被申请人的应对策略两个角度为你详细说明：

一、仲裁机构收到证据后的处理程序

1. 形式审查与登记
   仲裁机构收到证据后，首先会进行形式审查，确认证据是否符合提交要求（如是否为原件、是否附有证据清单、是否在举证期限内提交等）。若证据存在瑕疵（如未盖章、未翻译等），仲裁机构会通知提交方补正。

2. 送达对方当事人
   仲裁机构会将证据副本送达被申请人（即公司一方），并给予其答辩期（通常为5-15日，具体以仲裁规则为准）。被申请人需在期限内提交书面质证意见，否则可能被视为放弃质证权利。

3. 组织质证与庭审调查
   在庭审中，仲裁庭会要求双方对证据进行质证，包括真实性、合法性、关联性及证明力的辩论。仲裁庭可能根据证据情况决定是否需要补充举证或委托鉴定。

4. 证据认定与裁决依据
   仲裁庭会结合双方质证意见，对证据的证明力进行综合判断，并作为裁决的事实依据。若证据存在争议，仲裁庭可能依据《仲裁法》及仲裁规则自由裁量。

二、公司作为被申请人收到证据后的应对策略

1. 及时审查证据内容

   • 核对证据是否与案件争议焦点相关（如合同纠纷中的履行情况、违约事实等）；
     
   • 检查证据是否存在瑕疵（如是否为复印件、是否超过举证期限、是否缺乏关联性等）；
     
   • 评估证据对己方不利的影响程度，制定应对方案。

2. 提交书面质证意见

   • 对真实性无异议的证据，可明确认可其真实性，但可就证明目的提出异议；
     
   • 对真实性有异议的证据，需说明理由（如伪造、变造、未提供原件等），并可申请鉴定；
     
   • 对合法性有异议的证据（如通过非法手段获取），可主张排除；
     
   • 对关联性有异议的证据，可说明其与案件无关或无法证明待证事实。

3. 准备反证或申请调查取证

   • 若对方证据存在漏洞，可提交反证推翻其主张（如提供相反的书面记录、证人证言等）；
     
   • 若关键证据由对方掌握但未提交，可申请仲裁庭责令对方提供，或申请仲裁庭调查取证。

4. 利用举证期限规则

   • 若对方逾期提交证据，可主张不予质证（除非仲裁庭认为有必要接受）；
     
   • 若己方需补充证据，需在仲裁庭指定的期限内提交，避免因逾期失权。

三、关键风险提示

1. 证据突袭风险
   若对方在庭审中突然提交新证据，可主张其违反举证程序，要求仲裁庭不予采纳或给予额外答辩期。

2. 证据保管义务
   公司需妥善保管与案件相关的原始文件、账目等，避免因证据灭失被推定不利事实。

3. 电子证据的特殊性
   对电子邮件、聊天记录等电子证据，需注意保存原始载体，并可通过公证或时间戳等方式固定证据。

建议：若公司收到仲裁证据后感到困惑，可随时向我提供具体证据清单及案件背景，我将结合《仲裁法》《民事诉讼法》及相关司法解释，为你分析证据效力并制定应对策略。