公安机关对非法持有的假币进行扣押的法律依据主要来源于《中华人民共和国人民币管理条例》以及《中华人民共和国刑事诉讼法》等相关法律法规。以下是对这一问题的详细解答：
《中华人民共和国人民币管理条例》的相关规定：
- 根据该条例第三十三条的规定，单位和个人持有伪造、变造的人民币的，应当及时上交中国人民银行、公安机关或者办理人民币存取款业务的金融机构。若发现他人持有伪造、变造的人民币，应当立即向公安机关报告。这一条款明确了持有假币的违法性，并规定了相应的处理措施，即上交或报告公安机关。
- 同时，该条例第三十四条也指出，中国人民银行和公安机关应当没收伪造、变造的人民币。这进一步确认了公安机关在处理非法持有假币案件中的职权，包括扣押和没收假币。
《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定：
- 在刑事诉讼过程中，公安机关有权对犯罪嫌疑人以及可能隐藏罪犯或者犯罪证据的人的身体、物品、住处和其他有关的地方进行搜查。若在搜查过程中发现假币等犯罪证据，公安机关有权依法进行扣押。
- 此外，对于与案件有关需要作为证据的物品，公安机关也有权进行扣押。非法持有的假币作为犯罪证据，自然也在扣押之列。
扣押程序与注意事项：
- 公安机关在扣押假币时，应当严格遵守法定程序，包括出示搜查证或扣押决定书、制作扣押清单、由被扣押人签名或盖章等。
- 扣押的假币应当妥善保管，不得随意使用或处置。在案件处理完毕后，扣押的假币应当依法予以没收或销毁。
法律后果与救济途径：
- 非法持有假币的行为可能构成犯罪，依法应追究刑事责任。若被扣押人认为公安机关的扣押行为违法或不当，可以通过行政复议或行政诉讼等途径寻求救济。
总结来说，公安机关对非法持有的假币进行扣押的法律依据主要来源于《中华人民共和国人民币管理条例》和《中华人民共和国刑事诉讼法》等相关法律法规。这些法律法规明确了公安机关在处理非法持有假币案件中的职权和程序，为打击假币犯罪提供了有力的法律保障。如果您或他人遇到非法持有假币的情况，建议及时向公安机关报告并配合调查处理。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。